Toon Boom Studio позволяет как рисованных персонажей, так и использовать готовые элементы для анимации из встроенной библиотеки заготовок. Все элементы проекта, созданные пользователем, могут быть сохранены в этой библиотеке для дальнейшего использования. Также поддерживаются популярные графические и видеоформаты.
Одна из интересных особенностей Toon Boom Studio - использование виртуальной камеры для анимации. Пользователь может работать с несколькими камерами, изменять их положение в процессе анимации, переключаться между ними и т.д. Кроме этого программа автоматически синхронизирует движения губ персонажей с звуковыми файлами, где записана речь. При этом, совершенно неважно, на каком языке говорят персонажи.
Проекты, созданные в Toon Boom Studio, могут быть сохранены в разных форматах, включая SWF, QuickTime, PDF, AVI. Поддерживается и видео высокой четкости, а также профили для сохранения анимации для мобильных телефонов, iPod, КПК.
В последней версии добавлены новые средства для создания скелетной анимации.