При жизни Бах был больше всего известен как первоклассный органист, преподаватель и сочинитель органной музыки. Он работал как в традиционных для того времени «свободных» жанрах, таких как прелюдия, фантазия, токката, пассакалия, так и в более строгих формах — хоральной прелюдии и фуги.

В своих произведениях для органа Бах умело соединял черты разных музыкальных стилей, с которыми он знакомился в течение жизни. На композитора оказала влияние как музыка северогерманских композиторов так и музыка южногерманских композиторов. Помимо того, Бах копировал сочинения французских и итальянских композиторов, чтобы лучше понять их технику; позже он переложил несколько скрипичных концертов Вивальди для органа. В течение наиболее плодотворного для органной музыки периода Иоганн Себастьян не только написал много пар прелюдий, токкат и фуг, но и «Органную книжечку» — сборник из 46 прелюдий, в котором демонстрировались различные методы и техники инструментальной обработки протестантских хоралов. После отъезда из Веймара Бах стал меньше писать для органа; тем не менее, после Веймара были написаны многие известные произведения. Всю жизнь Бах не только сочинял музыку для органа, но и занимался консультированием при постройке инструментов, проводил экспертизу новых органов и хорошо ориентировался в особенностях их настройки.
Двенадцать органных концертов