Если первые версии Jira хвалили как очень простые, то сейчас жалоб на громоздкость интерфейса Jira становится все больше. С IDEA аналогично: 99% виденного мною негатива по поводу последних версий IDEA - это про сложность конфигурирования и тормоза.

Если по существу, то Atlassian МОЛОДЦЫ в плане маркетинга, в этом плане они обогнали конкурентов года на 2-3. Собственно, они первыми начали раздавать бесплатные лицензии open source проектам, активно пиарить Jira в блогах, вести разработку коммерческого продукта "в открытую".

Несколько лет назад я читал пост примерно такого содержания в блоге автора какого-то очень известного open source проекта (кажется, Gavin King-а, но не могу утверждать на 100%): "Сегодня ко мне постучался по IM Mike и сказал что он проимпортировал все баги из нашей старой багзиллы (или чего там) в JIRA, уже можно пользоваться. Круто, ура, переходим на JIRA.". Хотя на ASF переползали на JIRA не так гладко, многие сопротивлялись по идеологическим мотивам и их убалтывали :-)

Но, опять же, все это стало возможным из-за заточенности JIRA под open source проекты. Скажем, доступ к багобазе без регистрации - это критически важная фича для open source проектов и довольно сомнительная затея для коммерческих продуктов (см оригинальный пост). Большинство других производителей коммерческих систем при всем желании не смогли бы так эффективно раздать свой продукт open source проектам, без анонимного доступа к списку багов он open source проектам не нужен.
В коммерческих багтрекилках большое внимание уделяется поддержки workflow, security, а для небольших команд open source разработчиков это не нужно и только усложняет конфигурирование.