Отряд Черепахи или Testudines (лат.) относятся к подклассу Анапсиды, классу Пресмыкающиеся или Рептилии (Reptilia), подтипу Позвоночные и типу Хордовые.

Хордовые > Позвоночные > Рептилии > Анапсиды > Черепахи

Кроме черепах к классу Рептилии относятся Крокодилы, Ящерицы и Змеи, которые образуют свои собственные отряды. Важно не путать Пресмыкающихся (Рептилий) с Земноводными (Амфибиями), последние ближе к рыбам и являются прородителями рептилий.

Все черепахи разделены на 2 подотряда - Cryptodira  (Скрытношейные черепахи)  и Pleurodira (Бокошейные черепахи). В чем же отличие? У скрытошейных черепах (рис.1) шея втягивается под панцирь по прямой, а у бокошейных (рис.2) шея не втягивается, а укладывается под панцирь боком вправо или влево. Бокошейных черепах довольно мало, и они водятся преимущественно в Австралии.
[показать]
Отряды делятся на надсемейства (не всегда учитываются) и семейства. Семейства - это множество видов черепахи со сходными внешними признаками, причем признаки явные, что легко определить по названия семейства. Интересно, что к бокошейным черепахам относят 2 семейства (12 и 13), но и к морским скрытошейным черепахам также относят 2 семейства (10 и 11). Некоторые семейства состоят только из одного вида, например Двукоготные черепахи, Кожистые черепахи и Большеголовые черепахи. В других (сухопутных и пресноводных) очень много видов.
1 Семейство: Chelydridae (Каймановые черепахи)
2 Семейство: Testudinidae  (Сухопутные черепахи)
3 Семейство: Geomydidae (Азиатские речные, коробчатые)
4 Семейство: Emydidae (Пресноводные черепахи)
5 Семейство: Carettochelyidae  (Двукоготные черепахи)
6 Семейство: Trionychidae  (Трехкоготные черепахи)
7 Семейство: Dermatemydidae  (Мексиканские черепахи)
8 Семейство: Kinosternidae  (Иловые черепахи)
9 Семейство: Platysternidae  (Большеголовые)
10 Семейство: Cheloniidae  (Морские черепахи)
11 Семейство: Dermochelyidae  (Кожистые черепахи)
12 Семейство: Chelidae  (Змеиношейные черепахи)
13 Семейство: Pelomedusidae (Пеломедузовые черепахи)  

Стоит обратить внимание, что черепахи не делятся только на водных и сухопутных, скорее их можно поделить на:
1. Полностью сухопутных
2. Полуводных - полусухопутных
3. Пресноводных
4. Пресноводно-морских (двукоготная черепаха)
5. Морских черепах
Отличается и строение конечностей у черепах, начиная от ласт у морских, до лап с перепонками у многих пресноводных и столбообразных лап с крупными когтями у сухопутных видов.