Природная зона:
широколиственные леса
смешанные леса
Рельеф:
Заповедник находится в южной части западного склона так называемого Башкирского Урала (Башкирский антиклиналий) и состоит из нескольких групп горных хребтов или цепей.
Ландшафтные районы заповедника сформировались на разных горных породах докембрия и палеозоя, слагающих две крупные геологические структуры Южного Урала – Уралтауский антиклинорий и Кракинское поднятие, соответствующее и двум основным орографическим элементам: хребту Урал-тау и горному массиву Южный Крака, резко отличающихся друг от друга.
Урал-тау тянется непрерывной грядой в меридиональном направлении и характеризуется близкими высотными отметками на всем протяжении.
Горный массив Южный Крака имеет подковообразную форму, обращенную выпуклой стороной на север и образованную рядом изогнутых, расположенных паралелльно друг другу гряд.
Климат:
Местный климат заповедника, наряду с чертами, присущими Южному Уралу вообще, имеет вместе с тем свои особенности, причем последние резко отличают его даже от районов, лежащих в непосредственной близости. Наличие низких температур зимой, поздних весенних и ранних осенних заморозков, не всегда благоприятное распределение осадков, значительные суточные колебания температуры, резко меняющаяся относительная влажность и большая инсоляция – все это создает характерный микроклимат природного комплекса заповедника.
Разница между абсолютными минимумом и максимумом составляет 87,4 град. C ,что говорит о большой степени континентальности климата Башкирского заповедника и сопредельных территорий. Средние минимальные температуры остаются отрицательными до апреля включительно, а в иные годы и средняя минимальная температура мая бывает ниже нуля. Вегетационный период (с устойчивой температурой +5 град. C), по многолетним данным, продолжается 149 дней, начало его приходится на третью декаду апреля, а конец на третью декаду сентября. Замерзание рек происходит во второй декаде ноября, вскрытие – во второй половине апреля. Паводок продолжается в среднем 22-30 дней. В районе расположения заповедника во все времена года преобладают юго-западные и западные ветры со средней скоростью около 2.2 м в секунду.
Водоёмы:
Гидрологическая сеть заповедника находится в пределах бассейна трещинных вод складчатого Урала и наиболее развита в районе массива Южного Крака. Реки Южный Узян и Кага заповедника принадлежат бассейну реки Белой и питаются водами многочисленных горных речек, ручьев и ключей. Им свойственны быстрое течение, мелководье, каменисто-галечное ложе с порогами и перекатами, бедная водная и прибрежная растительность, низкая температура воды и наличие не замерзающих зимой участков (полыней). В среднем и нижнем течении имеют значительные плёса, окаймленные узкой полосой тростника и камыша. Они довольно бурны весной, а летом значительно уменьшается их уровень в результате быстрого спада вод.
В дополнение к характеристике гидрорежима природного комплекса заповедника надо сказать, что для данной территории характерно полное отсутствие озер, но в поймах рек встречаются многочисленные старицы, также необходимо отметить наличие водостоев, воды которых держатся постоянно, за исключением засушливых годов.
Почвы:
Почвенный покров территории заповедника представлен в основном серыми лесными почвами