Вот сегодня заметил в jQuery UI версии 1.6-rc2 в компоненте Dialog серьезный баг. Если я делаю модальный диалог, то даже если он закрыт, все input элементы на странице становятся некликабельными.

О баге доложил в BugTracker.

В исходниках копаться не хотелось, поэтому единственное решение - не делать модальных диалогов.