Сириус и Люпин рассказывали об этом Гарри... О том, что Лили стала встречаться с Джеймсом, после того, как в нём поубавилось спеси.
Сам Волдеморт не хотел её убивать из-за Снейпа, скорее всего. Ему не имело смысла её иначе в живых оставлять.