Свою историю инженерные войска ведут со времени Указа Петра I от 21 января 1701 года о создании в Москве «Школы пушкарского приказа». В этой школе готовили офицеров артиллерии и военных инженеров. Выпускниками «Школы пушкарского приказа» с 1702 года стали комплектоваться первые минерные подразделения регулярной российской армии.

16 января 1712 года Петр I приказал отделить инженерную школу от школы пушкарского приказа и расширить ее. Следом по его Указу была создана и Санкт-Петербургская инженерная школа (1719 год). А спустя 4 года Московская школа была переведена в Санкт-Петербург и объединена с Санкт-Петербургской. В этих школах готовили унтер- и обер-офицеров инженерных войск.

Для повышения привлекательности этих школ и для усиления значимости инженерных войск Петр I в своей Табели о рангах 1722 года офицеров инженерных войск числит на ранг выше офицеров пехоты и кавалерии.
Центральным органом инженерных войск являлась Канцелярия главной артиллерии и фортификации. В 1753 году начальником инженерной школы был назначен инженер-генерал Абрам Петрович Ганнибал, знаменитый «Арап Петра Великого», прадед А.С.Пушкина.

Инженерные войска принимали участие во всех сражениях по защите Отечества. Знания, мужество и отвага военных инженеров в немалой степени способствовали успешному ведению боевых действий в Отечественной войне 1812 года, при обороне Севастополя (1854 – 1855 годы), во время русско-японской войны (1904—1905 годы) и первой мировой войны (1914—1918 годы). Значительный вклад внесли инженерные войска и в ликвидацию последствий аварии на Чернобыльской АЭС.