В отличие от колоний одноклеточных животных, клетки многоклеточных потеряли самостоятельность, они дифференцированы. Группы сходных клеток образуют органы, а органы могут составлять системы. Многоклеточным свойственно сложное эмбриональное развитие. После оплодотворения яйцеклетки происходит дробление, образуется бластула, затем гаструла, потом возникает нейрула, после чего формируется зародыш. В процессе развития образуются зародышевые листки. У всех, кроме кишечнополостных, образуется 3 зародышевых листка: эктодерма, эндодерма и мезодерма. У кишечнополостных образуется только эктодерма и эндодерма, а между ними находится бесструктурная мезоглея.