История памятника столь же трагична, как и история самого Джеана Франкоиса Ла Перуза в честь которого и был возведен памятник. Известный французский исследователь отправился в Кругосветное плавание в 1775, предполагалось что в течение четырех лет его корабли, посетят Северную Америку, Японию, Китай, Австралию и возвратятся назад во Францию. В сентябре 1787, после короткого захода в Петропавловск, экспедиция направилась в Японию, экспедиция состояла из 242 участников, большинство из которых это талантливые ученые, художники и навигаторы, и только один из них был опытным мореходом, закалённым в сильных штормах Тихого океана.
Остатки от судов были найдены в 1959. В 1843, по просьбе французского правительства был установлен памятник, в честь храбрых исследователей, но в августе 1854 он был полностью разрушенный ядром орудия французского фрегата. Он был восстановлен в 1882, и с 1930 стоит на улице Ленина, в центре города.
Исчезновение экспедиции Лаперуза глубоко взволновало всех, кто так или иначе был связан с ней или испытывал чувство уважения к французскому мореплавателю. Существует предание, что даже последними словами Людовика XVI на эшафоте был обращённый к палачу вопрос «Нет ли вестей от Лаперуза?» Поиски продолжались около сорока лет, пока наконец, в 1826 году, английский капитан Питер Диллон не обнаружил на острове Ваникоро следы кораблекрушения. В 1828 году остров посетил Дюмон-Дюрвиль, сам корабль которого в честь корабля Лаперуза назывался «Астролябией». Он подтвердил сообщение капитана Диллона и поставил на месте крушения памятник. Однако прошло ещё 177 лет, прежде чем Ваникоро стал «официальным» местом гибели экспедиции Лаперуза.
В мае 2005 года был окончательно идентифицирован найденный среди сохранившихся близ берегов Ваникоро обломков секстант, на одной из планок которого удалось прочитать выгравированную надпись «Mercier». Согласно инвентарной описи «Буссоли», на её борту находился взятый из Королевской военно-морской Академии секстант, изготовленный «съером Мерсье» (sieur Mercier).