Патриарх Алексий II похоронен в Богоявленском кафедральном соборе Москвы, где прошла последняя заупокойная лития. Церемония погребения была закрытой, на ней могли присутствовать только священнослужители. Траурный звон на колокольне собора сменился радостным перезвоном, символизирующим переход души в вечную жизнь.
Несколькими часами ранее в Храме Христа Спасителя прошла божественная литургия и отпевание святейшего. Даже после своей кончины Алексий Второй продолжает объединять людей разных вероисповеданий и взглядов. Проститься с Патриархом приехали политики, деятели культуры и искусства, представители разных конфессий.
В первом ряду у гроба Патриарха стояли Президент России Дмитрий Медведев и премьер-министр Владимир Путин с супругами. Они тесно сотрудничали с Патриархом, оказывая церкви всемерную помощь и пользуясь ее поддержкой. Рядом с первыми лицами России был и иностранные гости. Среди них президенты Белоруссии и
Молдавии Александр Лукашенко и Владимир Воронин, президенты Сербии и Армении Борис Тадич и Серж Саркисян. Прилетел в Москву и глава Партии регионов Украины Виктор Янукович. Он как и все возложил к гробу букет белых роз. Всех желающих присутствовать на службе даже такой большой как Храм Христа Спасителя не смог бы вместить. Проститься с Патриархом в день похорон пришли представители кремлевской администрации, министры, губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко с вице-премьером Сергеем Ивановым, а также сенаторы, главы регионов, депутаты Госдумы, полномочные представители президента в федеральных округах и видные общественные деятели.
Отпевание закончилось и перед тем, как гроб вынесли из храма, все присутствующие дали последнее целование Святейшему Патриарху Алексию Второму. Тысячи людей, которые не смогли попасть в этот день в Храм Христа Спасителя, часами ожидали на улицах, чтобы
простится с патриархом. Траурный кортеж с телом Алексия Второго проследовал через весь исторический центр Москвы. Дорога до Богоявленского собора была усыпана цветами.