Письмо ФНС РФ от 30.03.2011 N КЕ-4-3/5012
"О порядке применения вычетов по НДС"

ФНС РФ рекомендует налоговым органам при проведении налоговых проверок по вопросам принятия к вычету сумм НДС, оплаченным за счет предоставленных субсидий, использовать сложившуюся судебную практику

Это связано с тем, что по данному вопросу на сегодняшний день нет единого мнения. Согласно позиции Минфина РФ суммы НДС, ранее принятые к вычету по товарно-материальным ценностям, расходы на оплату которых компенсируются за счет средств федерального бюджета, подлежат восстановлению и уплате в бюджет. Однако, по мнению арбитражных судов, сформулированному в том числе в Постановлениях Президиума ВАС РФ от 01.04.2008 N 13419/07 и от 01.04.2008 N 12611/07, Налоговый кодекс РФ не ограничивает право на налоговые вычеты для организаций, реализующих товары (работы, услуги) по регулируемым ценам и получающих в связи с этим дотации.

В этой связи налоговым органам рекомендовано при проведении контрольных мероприятий учитывать сложившуюся арбитражную практику.