Село Коприно известно с XVIвека. Оно было расположено на правом берегу реки Волги. В 1544/45 г. оно вошло во владения Троице-Сергиева монастыря. Местное население занималось сельским хозяйским и рыбным промыслом.

В XIX веке в селе Коприно Н. В. Верещагиным было начато сыроварение. Он убедился, что условия здесь вполне благоприятствуют развитию молочного хозяйства. 17 марта 1870 было пущено производство сыра. Отсутствие финансовой помощи от правительственных органов вынудило его изыскивать способы ускорить оборачиваемость средств. Поэтому в первых двух артелях Ярославской губернии было организовано производство голландского сыра. Выступая перед земствами почти всех уездов Ярославской губернии, Верещагин обращал внимание на крайне низкий экономический уровень пореформенного хозяйства, в том числе и скотоводства. Мерой ликвидации этого он считал организацию сыроделия.

При создании Рыбинского водохранилища село Коприно оказалось в зоне затопления наряду с 663 деревнями, 1 городом, 140 церквями и 3 монастырями. Ушли под воду древняя княжеская столица, культурно-исторический и административно-хозяйственный центр город Молога, в котором проживали более 5 тыс. человек, пятитысячный фабричный поселок Абакумово, находившийся на реке Шексне в нескольких километрах от Рыбинска. Затоплено три четверти территории одного из древних русских городов — Весьегонска (Тверская область), расположенного в 140 км от Рыбинска. Под воду ушла вся его историческая часть с тремя старинными храмами. Перенесено на новое место старинное село Брейтово, стоявшее при впадении легендарной реки Сить в Мологу. Затоплены древние летописно известные села и храмы, расположенные вдоль бывших берегов Мологи, в частности, село Борисоглеб — бывший Холопий Городок, впервые упомянутый в XII веке. Ушли под воду самая благоустроенная в Ярославской епархии Югская Дорофеева пустынь, располагавшаяся на полпути от города Мологи до города Рыбинска; обширный комплекс Мологского Афанасьевского монастыря, основанного в XIV веке. В комплекс входило 4 храма. Затоплен Леушинский Иоанно-Предтеченский женский монастырь, находившийся между Череповцом и Рыбинском близ реки Шексны, с величественным пятиглавым собором.

От храма Воздвижения Креста Господня, находившегося в селе Коприно ныне остались руины. На пляже, недалеко от храма, лежит несколько надгробных камней. От старости надписи читаются с огромным трудом. Несмотря на плачевное состояние, руины очень живописны, особенно красивый вид открывается с воды.