Принцип излечения подобного подобным, лежащий в основе гомеопатии, обнаруживают уже в текстах Клавдия Галена. Как и другие направления медицины, гомеопатия связана по происхождению с работами средневекового врача Парацельса, но основателем современного метода считается Самюэль Ганеман.

В XIX веке учеником Ганемана Константином Герингом (Constantin Hering) были сформулированы гомеопатические законы исцеления, предполагающие существование уровней болезни. Согласно этим законам, явного и длительного излечения можно ожидать тогда, когда симптомы изменяются

С более глубоких, жизненно важных уровней организма, к менее важным, поверхностным уровням.
От верхних частей человеческого тела к нижним.
Исчезновение симптомов происходит в порядке, обратном их возникновению.[1][2]
Излечение в гомеопатии рассматривается как выведение болезни с донных её уровней на поверхностный, психический считается одним из самых глубоких. Болезнь рассматривается часто как результат индивидуального развития больного (в частности, тяжёлые заболевания, при которых применяется гомеопатия, такие, как шизофрения и рак). Гомеопатические препараты, назначаемые врачом, различаются в зависимости не от заболевания, а от личности больного.

Доктрина гомеопатии оставляет возможность неправильного обращения со шкалой уровней болезни. Суть гомеопатической критики сводится к тому, что в ряде случаев аллопатическая медицина уничтожает симптомы, приводя, в соответствии с уровнями проявления болезни, к её углублению. Гомеопаты выступают против подавления кожных заболеваний и, зачастую, оспаривают метод прививок, а гомеопатическая критика фармакологии уже привела к ожесточённому противостоянию этих направлений.

В христианской гомеопатии то, что основа болезни находится в сознании, философски трактуется как отражение концепции греха. В конце XIX века учёный-протестант Джеймс Тейлор Кент развил философию гомеопатии в книгах «Лекции по философии гомеопатии», «Лекции по гомеопатической Materia Medica». Д. Т. Кент составил справочник симптомов «Реперториум», в который вошли тысячи симптомов. Кент указал степень выраженности каждого симптома в лекарственной картине отдельных препаратов. Во время приёма врач-гомеопат часто листает Реперториум, чтобы найти нужный симптом и соответствующий ему гомеопатический препарат. В последние годы «Реперториум» Кента включён в состав многих компьютерных гомеопатических программ, и поэтому гомеопаты стали активно пользоваться компьютером во время приёма пациента.

Современный индийский гомеопат Прафул Виджекар, основываясь на данных эмбриологии, генетики, иммунологии, физиологии, развил идеи своих предшественников и выдвинул концепцию прогнозирующей гомеопатии, которая объясняет продвижение болезни либо естественным прогрессированием, либо воздействием подавляющих средств. Виджекар выделил 5 видов подавления:

Из одного места в другое в пределах одного и того же органа. Например, экзема переходит с нижней конечности на верхнюю.
От одного органа к другому в пределах одной и той же системы. Например, фарингит переходит в ларингит и потом в бронхит.
От системы к системе на одном уровне. Например, бронхит проходит, но развивается диарея.
От системы к системе на разных уровнях. Например, проходит гастрит (энтодермальное заболевание), но начинается выпадение волос (мезодермальное заболевание).
Миазматический перенос. После излечения бронхита развивается ожирение.
П. Виджекар также выделил 7 уровней подавления:

Болезни кожи, роговицы, конъюнктивы, губ, неба, ушей, потовых желез, околоушных желез.
Болезни верхних дыхательных путей, желудочно-кишечного тракта, мочеполовой системы.
Болезни костей, суставов, мышц.
Болезни сердечно-сосудистой и лимфатической системы, почек, легких, крови.
Болезни эндокринной системы.
Болезни центральной и вегетативной нервной систем.
Изменения в генетическом коде.
Правильное гомеопатическое излечение не должно подавлять болезнь и переводить её на более глубокий уровень, а должно продвигаться только в сторону более поверхностного уровня.

Следующее важное современное развитие концепции гомеопатии сделал другой индийский гомеопат Р. Шанкаран, который выдвинул теорию болезни, как искажённого восприятия реальности (delusion). Позднее он развил эту теорию и выделил уровни постижения болезни. Самый поверхностный уровень – это диагноз болезни. Пациенты с одним диагнозом отличаются и имеют разную совокупность симптомов. Поэтому второй уровень – это физические симптомы (Facts). Физические симптомы развиваются на фоне эмоциональных нарушений, и, следовательно, глубже находится эмоциональный уровень (emotional state). Эмоции являются результатом искажённого восприятия реальности (delusion). Это четвёртый уровень. Ещё глубже находится пятый уровень - жизненного ощущения (sensation). Жизненное ощущение – это очень глубинное ощущение, которое объединяет человека и источники природы, из которых изготавливаются гомеопатические препараты. Так у кактуса есть ощущение сжимания в момент засухи и у пациента тоже есть подобное ощущение в сердце в момент приступа ишемической болезни. Ещё глубже находится энергетический уровень. Болезнь на энергетическом уровне представляет вмешательство чужеродной болезненной энергии в нормальную здоровую человеческую энергию. Болезненная энергия не может адекватно встроиться в человеческую и вызывает помехи, которые мы видим в виде симптомов. Болезненная энергия подобна энергии розы, золота и других источников природы, из которых можно изготовить гомеопатический препарат и таким образом аннигилировать эту энергию.