В Японии можно встретить растения Северной Америки, Европы и Азии. Криптомерия японская и разновидности клена, бук и магнолия произрастают почти на всей территории страны, 60% которой занимают леса. Каштан, дуб и бук широко распространены на Хонсю, а ель обычная и пихта - в субарктическом климате Хоккайдо.
Растительность на Кюсю и Окинаве тропическая: это в основном разновидности пальм и цветы, которые в Токио можно увидеть только в теплицах. Сливу и вишню, цветением которых любуются японцы весной, можно встретит по всей стране. Азалии, гортензии и ирисы ярко цветут в начале лета а хризантемы и красные клены радуют глаз осенью.
Большинство животных, обитающих на Хонсю, Сикоку и Кюсю, характерны для северного полушария: это черные медведи, хорьки, дикие кабаны, а также такие птицы, как фазаны, соколы, утки и журавли. Есть и животные, встречающиеся только в Японии, например японская макака, исполинская саламандра и тануки, разновидность енотовидной собаки, маленькое насекомоядное млекопитающее. Холодный район Тохоку на севере Хонсю знаменит своими макаками: они покрыты густой шерстью и зимой большую часть дня проводят в горячих источниках. На субарктическом Хоккайдо обитают соболь, рыжая лиса и бурый медведь. Рост взрослого бурого медведя, стоящего на задних лапах, около 2 м, а вес может достигать 400кг, он почти в два раза больше своего сородича с Хонсю. Острова Окинавы населены животными, характерными для Восточной Азии, но есть и уникальные виды: дикая ириомотейская кошка, заяц амаи и гадюка хабу.
Стремительная урбанизация приводит к сокращению популяции многих видов птиц и животных. В 1980г. Управлением по делам окружающей среды были приняты меры для защиты 136 вымирающих видов, но, к сожалению, дикой ириомотейской кошке, которую зоологи называют живым ископаемым, это скорее всего не поможет.