Вопросы этногенеза японцев и в настоящее время все еще вызывают споры, рождая самые противоречивые гипотезы и теории, ни одна из которых не в силах объяснить всей совокупности накопленных наукой фактов.

В советском японоведении считается, что древнейшую основу населения Японии составляли айны. Их хозяйство базировалось на охоте, рыболовстве, лесном и прибрежном собирательстве. На Хоккайдо к айнам примешивались мигрировавшие туда выходцы с восточного побережья Азиатского материка. На островах Кюсю и Сикоку и на юге Хонсю айнское население смешивалось и ассимилировалось с аустронезийскими племенами.

В середине первого тысячелетия до нашей эры на Японские острова через Корейский пролив с юга Корейского полуострова проникают так называемые протояпонские племена. С их приходом на островах появились домашние животные — лошадь, корова, овца, к этому периоду относится и возникновение культуры поливного риса. Процесс культурного развития пришлых племен, их взаимодействие с местным аустронезийско-айнским населением происходили вплоть до V в. Основным направлением хозяйства на Японских островах окончательно стало рисосеяние.

К VI—VII вв. островное население восприняло из Кореи, а также и из Китая элементы китайской и корейской культуры. В VIII в. завершилась ассимиляция на юге Кюсю остатков аустронезийского населения. Одновременно начался процесс заселения лесистого севера острова Хонсю. Местное айнское население этого острова частично смешалось с пришельцами, частично было оттеснено на север.

В настоящее время Япония — одна из самых однородные по этническому составу стран мира, основу нации (более 99% населения) составляют японцы. Айны теперь сохранились лишь на Хоккайдо, их численность не превышает 30 тыс. В Японии проживает около 600 тыс. корейцев, которые в основном переселились туда в годы второй мировой войны, и до 40 тыс. китайцев. Европейцев и американцев среди постоянных жителей страны ничтожно мало.