Вследствие значительной протяженности Японии с севера на юг (от 45° до 22° с.ш.) в пределах ее территории существуют большие климатические различия. В целом климат Японии влажный, морской. Общее годовое количество осадков колеблется от немногим менее 1000 мм на востоке Хоккайдо до 3800 мм на некоторых хребтах центрального Хонсю. Снегопады бывают на всей территории Японии, но на юге – всего несколько дней, а на северо-западе страны – в течение 95 дней. За это время формируется снежный покров мощностью до 4,5 м.

Низменности Кюсю, Сикоку, южных и восточных побережий Хонсю вплоть до равнины Канто характеризуются субтропическим климатом, тогда как в горах более прохладно. Низменностям северного Хонсю и Хоккайдо присущи более контрастные климатические условия с холодной зимой и коротким летом, а в горах этих районов климат имеет сходство с субарктическим. В других частях страны прослеживаются различные вариации климата в зависимости от особенностей рельефа, особенно экспозиции склонов.

Зимой Япония находится под влиянием восточных муссонов. Летом проявляется воздействие более слабых северо-западных муссонов. Летние штормы обычно не очень сильные и поражают только северную Японию, но тайфуны проносятся над тихоокеанским побережьем Хонсю, Сикоку и Кюсю и летом и осенью. Во время дождливого сезона с середины июня до середины июля нередко выпадает бóльшая часть годовой нормы жидких осадков во многих районах южной Японии, тогда как для Хонсю и Хоккайдо характерны зимние дожди и снегопады.

Климат южных горных районов сопоставим с климатом северных равнин. Вегетационный период продолжается 250 дней на равнинах южного Кюсю, 215 – на равнине Канто и в горах Кюсю, 175 – на берегах Хонсю, 155 – в Японских Альпах и на западном побережье Хоккайдо и 125 – на северном побережье Хоккайдо.