WinSxS, или Windows Side by Side (бок о бок), является еще одним новшеством Windows XP. Microsoft, озаботившись криворукостью программистов, создала систему, позволяющую сохранять несколько версий одинаковых библиотек (DLL) и использовать при необходимости именно ту, что требует конкретная программа. Дело в том, что некоторые программы почему-то считают, что только они имеют нужную версию DLL, и перезаписывают при инсталляции даже более новую версию библиотеки, что может привести ко всякого рода неприятностям, поэтому, если какая-нибудь программа вздумает беспричинно заменить уже имеющуюся в системном каталоге DLL, операционная система поместит сомнительную библиотеку в специальную папку (WinSxS), а дурная программа так и останется уверенной, что сделала свое черное дело.
Поэтому удалять эту папку не стоит, ибо это чревато неработоспособностью отдельных прог или синим экраном.

http://forum.xakep.ru/m_1208399/tm.htm