Родившийся в 1958 году в Чикаго, в семье пожарного и сценаристки, Майкл Мэдсен, прежде чем стать актером, перепробовал множество далеких от искусства профессий. Работал маляром и автомехаником, санитаром на "скорой помощи" и рабочим на автозаправке. Хипповал, употреблял наркотики, спиртное сверх меры, гонял как сумасшедший на мотоцикле и автомобилях, затевал драки. Многих друзей его юности уже нет в живых: кто погиб в автокатастрофе, кто - от передозировки наркотиков, кто - в тюрьме. Кстати, сам Мэдсен в тюрьме побывал тоже, но на эту тему говорить с журналистами отказывается.
Зато с удовольствием вспоминает, как обожал в детстве черно-белые голливудские фильмы с Хэмфри Богартом, Джеймсом Кэгни и Робертом Митчумом и мечтал походить на своих кумиров. Рядом была сестра Вирджиния, которая рано стала брать уроки актерского мастерства и просто грезила о кино и театре (теперь Вирджиния Мэдсен - известная киноактриса). Рядом была мать, увлеченная сценарной работой и добившаяся успеха в этой области: Элейн Мэдсен награждена множеством премий, в том числе престижной "Эмми". Отец, несмотря на то, что они с женой развелись, всегда был сыну поддержкой в трудных ситуациях. К тому же крутой парень Майкл не только попадал в разные переделки, но и ухитрялся еще и стихи писать, и в театр ходить. А окончательно понял, что хочет играть, только увидев на сцене Джона Малковича. Его он называет своим крестным отцом.