Действие фильма разворачивается спустя два года после событий игры Final Fantasy VII. Планета стала довольно мирным местом, хотя города и вся индустрия полностью разрушены, а большая часть населения заражена синдромом Звездного шрама. Главный герой по имени Клауд живет один и чувствует вину за то, что совершил, спасая мир. Однако рефлексировать ему осталось недолго - миру грозит новая напасть.