В период пребывания Ордена на о. Родос (1310-1522) госпитальеры создали мощный военно-морской флот, переняв лучшие достижения искусных в кораблевождении и кораблестроительстве местных греков. Иоанниты начали строить корабли еще на Кипре, где они оставались в течение нескольких лет после падения Акры (1291). В 1300 г. в архивах Ордена впервые упоминается его военный флот, а спустя год в документах уже фигурирует должность адмирала, которую обычно занимал опытный мореход из числа рыцарей-итальянцев. По другим данным, адмирал впервые упомянут в 1299 г. Орденский статут, принятый при великом магистре Гийоме де Вилларе (1296-1305) гласит, что «адмирал будет командовать кораблями войны за веру и что он может нанимать галионы, галиоты и воинов, на которых казна будет выделять ему жалованье, и что морские солдаты, как на земле, так и на море будут под его властью, но если армией командует маршал, то адмирал и все прочие получают приказы от него. Морскими солдатами, которые сошли на землю, будет командовать тот, кому маршал даст поручение… они получают приказы адмирала, если маршал не находится здесь». Но если на суше власть адмирала была ограничена, то на море «все братья и миряне, которые составляют морскую армию – под властью адмирала, если только магистр или его лейтенант не командуют ими лично». Полномочия адмирала были уточнены при Дьедонне де Гозоне (1346-1353): «Когда вера будет вооружать галеры или другие корабли, адмирал будет командовать морскими солдатами и рабами. Он же или тот, кому он доверит, будет получать их жалованье из казны для уплаты им».
Основу флота Ордена госпитальеров составляли маневренные и независящие от ветра галеры. На типичной галере этого периода капитаном был рыцарь Ордена, которому, однако, помогал профессиональный родосский знаток морского дела, который надзирал за моряками, также родосцами, занимавшимися реями и парусами и выполнявшими всю корабельную работу. Экипаж галеры включал примерно две сотни гребцов, от пятидесяти до двухсот солдат и до пятидесяти матросов. В число последних входили также корабельные плотники, повара, цирюльник (он же хирург) и его помощники, лоцман и рулевой. Кроме того, на борту галеры находился еще один рыцарь – старший помощник капитана, и несколько новичков, проходивших годичный испытательный срок.
Гребцами обычно были рабы-пленники рыцарей, вероятно, большей частью – турки. Между прочим, примерно в конце XV - начале XVI в. Арудж, в будущем – знаменитый средиземноморский корсар, известный под прозвищем Барбаросса, провел около двух лет прикованным к скамье гребцов на галере родосских рыцарей.
Именно от работы гребцов зависела скорость галеры. Число ударов веслами равнялось 22 в минуту, иногда хорошо натренированная команда могла сделать 26 ударов. Таким образом, максимальная скорость хода могла достигать 7-8 узлов. Однако таких результатов галера могла добиваться только на совсем короткой дистанции, например, во время атаки. Средняя скорость при спокойном море составляла 4,5 узлов в первый час, а затем падала до 2-1,5 узлов.
Когда орденских галер было несколько, их тактика напоминала действия кавалерии: галеры выстраивались в ряд и атаковали противника. Довольно часто, однако, галеры выходили в море по две. Если выяснялось, что какое-либо торговое судно находится в отдельном проливе, самая быстрая галера устремлялась за ним и гнала его к тому месту, где, укрывшись за подходящим мысом, жертву поджидала вторая. И когда торговцу уже казалось, что он вот-вот оторвется от преследования, его курс внезапно преграждала выскользнувшая из укрытия вторая галера.
Далее следовал таранный удар. До появления на кораблях пушек (в конце XIV в. на галерах стали устанавливать бомбарды) таран оставался основным оружием военной галеры. Им можно было воспользоваться двумя способами: для прямой таранной атаки или для нанесения скользящего удара, направленного вдоль борта противника, ломая его весла и приводя его в состояние неподвижности и беспомощности.
Атака завершалась абордажем. Лучники и арбалетчики открывали стрельбу, чтобы очистить палубу противника и тем самым облегчить вступление в бой абордажной команде. Последняя состояла из рыцарей и тяжеловооруженных воинов, которые размещались на установленной перед главной мачтой платформе – rambades. На этом последнем этапе схватки госпитальеры применяли еще одно заимствование у византийцев – «греческий огонь». Правда, скорее всего, рыцари использовали его не традиционным византийским способом, выбрасывая из медных труб, а в качестве поджигательной смеси, влитой в глиняные горшки, которые являлись своего рада «ручными гранатами» и могли быть брошены на 20 м.
Кроме «эскадр веры» имелись корабли, которые вооружали за свой счет видные командиры и наиболее богатые рыцари. При Эмери д’Амбуазе (1503-1512) эта практика была несколько ограничена статутом, запрещавшим «братьям Ордена», связанным с управлением судебным ведомством или с заведованием орденским имуществом, вооружать корабли от своего имени или через подставных лиц «под страхом лишения должности и всех прибылей, какие они могли при этом фактически иметь». Капитанам галер и их офицерам позволялось вооружать вспомогательные суда: бригантины и фусты. Очевидно, такое распоряжение имело целью предотвратить злоупотребления орденским имуществом.
Такое развитие военно-морского флота сделало Орден одной из самых влиятельных средиземноморских держав.