Отчество от нецерковного мужского личного имени Заяц, в прошлом очень частого у русских. В Сл. Тупикова только из рассмотренных им документов XV-XVII вв. приводятся 34 случая этого имени. Связывать фамилию с нарицательным заяц нет оснований, между ними несколько ступеней: заяц → Заяц → зайцев (чей сын) → Зайцев.
В.А. Никонов Словарь русских фамилий
http://slovari.yandex.ru/dict/nikonov/article/nik/...%D0%B0%D0%B9%D1%86%D0%B5%D0%B2