Церковь имеет две части, одна над другой, причем эти части не сообщаются друг с другом.
Нижняя часть церкви.
Ниже уровня земли находится древняя часть храма. Против входа — алтарь, а слева от него — проход в пещеру библейских времен, которая, согласно преданиям, служила жилищем Захарии. В пещере есть мраморная ваза, содержащая воду чудесного подземного источника, забившего, согласно преданиям, в момент свидания Марии с Елизаветой. В левой стене — ниша, в которой лежит известковая плита с углублением в ней, напоминающим форму детского тельца. Плита принесена из пустыни, в которой укрывалась Елизавета с сыном во время легендарного избиения младенцев.
Верхняя часть церкви
Верхняя часть, предназначенная для служб, представляет собой современное культовое сооружение, внутренние стены которого выложены дорогим мрамором и расписаны фресками.