Отец — подполковник в отставке. Мать — воспитательница в детском саду. Старший брат, на шесть лет старше — военный в звании майора.

Сергей Бабкин окончил Харьковский лицей искусств и музыкальную школу по классу флейты. В 2000 году закончил Театральное отделение Харьковского Государственного Университета Искусств, в 1994 году в лицее познакомился с Андреем Запорожцем.