Пишу, чтобы запомнить раз и навсегда, а также на случай, если у кого-то такая же ситуация. Конечно, в самом использовании Premiere Pro на платформе Windows для монтажа .mov файлов "немного" неправильно, да и попросту неудобно.
Не использовала другие версии Premiere Pro, могу сказать за CS3.
Изначально .mov не прочитывается Premiere Pro.
Для решения проблемы, сначала установите QuikTime на комп. Говорят, не ниже 7й версии. Эта программа устанавливает свои кодеки, совместимые с премьером.
Далее перезагрузите Премьер.
При попытке обрабатывать файлы и рендерить готовый проект, сделанный из мува, появляется сообщение об ошибке cpp-114. Глобальная причина в том, что mov плохо совместим со всем, что не Apple.
Это можно попробовать решить так: "Edit > Preferences > General и в разделе Optimize rendering for выбираете вместо Performance пункт Memory. Выходим из программы: Ctrl+Q и запускаем снова Премьер Про и настройки вступают в силу. Но как правило это не помогает". (спасибо maxonium http://aeclub.net/forums/index.php?showtopic=10651 за это необходимое знание)
Действительно, ошибка появляется реже, но не исчезает совсем. Я с этим сталкивалась на двух компах, на обоих метод решения проблемы был одинаков:
Где-то 2-3 часа танцев с бубном вокруг проекта, снова и снова пытаясь его отрендерить. К слову, если ошибка с видео уже появилась, то ее можно выявить просто перемещая бегунок по таймлайн. Если бегунок прошел и ошибки не было, можно попробовать рендер еще раз.
После одного сделанного и отрендеренного проекта, со следующими хлопот гораздо меньше.

Далее возникает вопрос: Какие настройки в Premiere Pro CS3 выставлять для видео, снятого на зеркальный фотоаппарат в формате .mov?
Ну, во-первых, если не уверены, то лучше проверьте на 10-ти секундном видео, чтобы не отставал звук и картинка была приемлема.
Пока что, для себя я определила следующую установку:
menu>export>Adobe Media Encoder
В открывшемся окне выставляю настройки:
MPEG2
1440-1080 i25 High Quality

Скорость рендеринга средняя относительно других настроек. Приемлемо ли для вас качество - смотрите сами. При использовании кодека H.264 у меня на выходе только звук. Некомпресованный Microsoft файл не смог открыться после рендеринга. MPEG2 Blue-ray жестко отставал звук + он очень долго рендерился.

ИМХО. Если кому-то поможет, буду рада.