Действие аниме происходит в мире весьма похожем на средневековую феодальную Японию. На территории страны в тайных местах скрыто несколько соперничающих школ-деревень, где готовят ниндзя/синоби. Главный герой - колоритный и зажигательный парень по имени Наруто Узумаки (Naruto Uzumaki). Он живет в одной из таких деревень. Когда он был маленьким, на деревню напал могучий демон - девятихвостый лис. Демона сумели победить, но его силу пришлось запечатать в ребенке, в Наруто. С тех пор между Наруто, чьи родители погибли во время схватки, и остальными жителями деревни пролегла тень отчуждения и страха. Его стали бояться и избегать, и только несколько человек относятся к нему хорошо. Разумеется Наруто не устраивает такое положение дел. С этого и начинается его путь, путь ниндзя, желающего стать сильнейшим из всех Хокаге (лучших ниндзя деревни) и тем самым добиться всеобщего признания.....

События второго сезона происходят через два с половиной года после первой части. Все персонажи подрости как физически так и духовно.