Примерное залегание водоносных пластов находят исходя из карт общей разведки, например Ленинградской области, а более точное — исходя из разведывательного бурения. бк24.рф Лицензия на пользование недрами с целью добычи подземных вод, всегда включает требование об устройстве вокруг скважины зоны санитарной охраны.
Традиционно для организации ЗСО используют защитную систему из трёх поясов:
Первый пояс. Назначение первого пояса — защита места, в котором производится забор воды, а также водозаборных сооружений от умышленного или непреднамеренного повреждения или загрязнения. Первый пояс — это окружность, обычно имеющая радиус 30 метров. Её центром является непосредственно скважина. Допускается сокращение первого пояса, зоны санитарной охраны, однако для этого требуется составление проекта отвечающего требованиям СанПиН 2.1.4.1110-02 «Зоны санитарной охраны источников водоснабжения и водопроводов питьевого назначения», а также положительное экспертное заключение, выданное компетентным учреждением. Например в Новосибирске — ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Новосибирской области» и положительное Санитарно-эпидемиологическое заключение Управления Роспотребнадзора по Новосибирской области.

Второй пояс. Также называется зоной микробного загрязнения. Для определения данной территории используется гидродинамический расчёт. Зона включает площади, которые необходимы для предупреждения загрязнения воды. При установлении второго пояса просчитывается время перемещения микробного загрязнения до водозабора, которое принимается, исходя из климатических особенностей районов и степени защищенности подземных вод. Значение данного параметра находится в пределах 100—400 суток. Это время, по прошествии которого поверхностное загрязнение за пределами 2-го пояса достигнет водоносного горизонта.
Третий пояс. Так называемая «зона химического загрязнения». С целью определения данной территории проводятся гидродинамические расчёты. Причем, во внимание принимается условие, при котором за пределами этой зоны водоносный горизонт загрязняется вредными или опасными химическими соединениями и они достигают источника воды не ранее окончания расчетного срока его эксплуатации (минимум — 25 лет).