Многие критики атеизма считают, что атеизм является своеобразной формой религии^[22]. Многие атеисты в свою очередь считают, что это вызвано непониманием терминов «религия» и «религиозная вера».^[22][23]

С точки зрения религиозного мировоззрения, вера в Бога и сверхъестественное может подтверждается некоторыми научными фактами, в частности креационисты строят свои рассуждения на основе данных геологии, истории, биологии. Теисты считают, что научно доказать что «Бога нет» невозможно, так как с точки зрения логики никто не может безоговорочно доказать отрицательное суждение и «несуществование» чего-то за рамками мира, доступного современным методам исследования. То есть другими словами наука может доказать отсутствие жизни на Марсе, но не может доказать отсутствие жизни во всей Вселенной, кроме Земли. Поэтому вера в то, что Бога нет, может рассматриваться как вера в то, что принципиально невозможно доказать, в то время как существование Бога теоретически доказуемо, с точки зрения многих теистов. Вера в то, что Бога нет, в монотеистических религиях может рассматриваться как проявление глупости и безумства («Сказал безумец в сердце своем: „нет Бога“.» Библия, Пс. 13:1) и результат нежелания поиска Бога и изменения своего образа жизни.

Частным примером подобных аналогий атеизма и религии служат отождествления марксизма-ленинизма с религиозным мировозрением. Подобные аналогии проводил, например, Николай Бердяев в своей работе «Религиозные основы большевизма». Он видел в большевизме особый религиозный дух, претензию на обладание абсолютной истиной, цельностью, полнотой и конечностью заключений: «Религиозная подмена, обратная религия, лжерелигия - тоже ведь явление религиозного порядка, в этом есть своя абсолютность, своя конечность, своя всецелость, своя ложная, призрачная полнота... Большевизм есть состояние духа и явление духа, цельное мироощущение и миросозерцание. Большевизм претендует захватить всего человека, все его силы, он хочет ответить на все запросы человека, на все муки человеческие.» [1].

Попытка определить атеизм как некую религию может сводится к заключению: «Религия — вера в Бога, атеизм — вера в его отсутствие». Атеисты видят ложность такого высказывания в неверной логической предпосылке, а абсурдность в том, что в скрытой форме оно признает лишь одну форму мировоззрения — веру, отрицая научное познание окружающего мира вообще. Атеисты, опровергают его, выстраивая подобное же суждение в шутливой форме: «Если атеист не курит табак, следовательно, он курит отсутствие табака». Кроме того, немецкий математик Гёдель в 1931 году доказал теоремы о неполноте, согласно которым в любой сложной непротиворечивой теории существует утверждение, которое средствами самой теории невозможно ни доказать, ни опровергнуть. Непротиворечивость сложной теории не может быть доказана средствами этой теории. Однако вполне может оказаться, что непротиворечивость одной конкретной теории может быть установлена средствами другой, более общей формальной теории.

Также в пользу мнения, что атеизм не является религией свидетельствует отсутствие у атеизма религиозных признаков, таких как обрядовость, наличие разработанных правил поведения, строгой иерархии и руководства.