«В 1340-х годах — описывает Епифаний Премудрый, составивший в начале XV века жизнеописание Сергия Радонежского, — в глухом лесу на холме Маковец у слияния речки Кончуры с лесным ручьём Вондюгой братьями Варфоломеем (в монашестве Сергий) и Стефаном была срублена келья и небольшая церковь в честь Троицы.» Вокруг кельи и церкви образовался небольшой монастырь в виде городка, обнесённого оградой, где несли службу монахи, последователи Сергия Радонежского. https://xn----8sbedibbx1djfkj.xn--p1ai/%D0%B6%D0%B...D0%B5%D0%BA%D1%86%D0%B8%D1%8E/ В 1540 году в монастыре начинается строительство оборонительных сооружений — кирпичных стен с башнями. Иван Грозный способствовал превращению обители в мощную крепость. Кроме того, с восточной стороны от стен вырыт ров, к югу выкопан огромный пруд, а в окружающих монастырь оврагах сделаны запруды. С 1559 по 1585 год строится массивный Успенский собор, прообразом которого является Успенский собор Московского Кремля.

Сформировались Нижняя и Верхняя Служние слободы (на месте современных улиц Митькина и Карла Маркса). В Нижней Служнений слободе в 1557 году строились два каменных храма — Пятницкая и Введенская церкви. В Верхней Служней слободе находилась деревянная церковь в честь Рождества Христова.
Село Клеменьтьево, находящееся на пути до монастыря, стало местом бурной торговли. Сюда перенесена традиционная ярмарка из близлежащего Радонежа. В селе располагаются две деревянные церкви с колокольней, обширная площадь с торговыми лавками, монастырская гостиница. Другие селения вокруг монастыря оставалась немноголюдными.
В 1608—1610 гг. монастырь 16 месяцев находился в осаде польско-литовских войск.
Пётр I сохранял значение царской и важной государственной крепости и не раз посещал монастырь, а в 1689 г. во время стрелецкого бунта в Москве юный Пётр укрылся за стенами монастыря.