В 1945 году главным тренером «Юнайтед» был назначен Мэтт Басби. Под руководством Басби и его ассистента, Джимми Мерфи, клуб занимал второе место в чемпионате в трёх сезонах подряд: 1946/47, 1947/48 и 1948/49, а в 1948 году выиграл Кубок Англии[33]. В сезоне 1951/52 «Юнайтед» выиграл чемпионский титул Первого дивизиона — спустя 41 год после своего последнего триумфа[34]. Этот состав команды был уже достаточно возрастным, и Басби начал активно привлекать в основной состав игроков из молодёжного состава: Роджера Берна, Билла Фоулкса, Марка Джонса, Денниса Вайоллета. Успех пришёл не сразу: в сезоне 1952/53 обновлённая молодёжью команда Басби финишировала лишь на 8-м месте, но уже в сезоне 1955/56 «Юнайтед» стал чемпионом Англии. Средний возраст игроков этой команды составлял 22 года[35]. Молодых воспитанников клуба того времени в прессе назвали «малышами Басби». В сезоне 1956/57 «Юнайтед» вновь выиграл чемпионат, а также дошёл до финала Кубка Англии и полуфинала Кубка европейских чемпионов, став первым английским клубом, принявшим участие в главном европейском клубном турнире[36].

В сезоне 1957/58, по возвращении домой из Белграда после матча Кубка европейских чемпионов с «Црвеной Звездой», самолёт с игроками «Юнайтед» потерпел крушение в аэропорту Мюнхена 6 февраля 1958 года. Авиакатастрофа отняла жизни восьмерых футболистов — Джеффа Бента, Роджера Берна, Эдди Колмана, Дункана Эдвардса, Марка Джонса, Дэвида Пегга, Томми Тейлора и Лиама Уилана — и ещё пятнадцати пассажиров, включая членов тренерского штаба клуба Уолтера Крикмера, Берта Уолли и Тома Карри[37][38]. Мэтт Басби получил тяжёлые травмы, но выжил и, спустя три месяца, вернулся к руководству клубом. К удивлению многих, лишённый игроков основного состава «Юнайтед» достиг финала Кубка Англии 1958 года, в котором уступил «Болтону». В конце сезона УЕФА предложил Футбольной ассоциации Англии заявить в Кубок европейских чемпионов два клуба — чемпионов Англии «Вулверхэмптон Уондерерс» и «Манчестер Юнайтед», в дань памяти жертвам авиакатастрофы, но Футбольная ассоциация отклонила это предложение[39][40]. В сезоне 1958/59 «Юнайтед» завершил чемпионат на 2-м месте[34].

В начале 1960-х Басби начал перестройку команды, подписав таких игроков, как Денис Лоу и Пэт Креранд, одновременно продолжая искать и воспитывать молодых талантливых игроков. Возможно, самым известным из них стал уроженец Белфаста Джордж Бест. Обновлённая молодыми игроками команда Басби выиграла Кубок Англии 1963 года, хотя в Первом дивизионе финишировала лишь на 19-м месте[41]. Уже в сезоне 1963/64 «Юнайтед» занял 2-е место в чемпионате, а в сезонах 1964/65 и 1966/67 стал чемпионом Англии[41]. В 1968 году «Манчестер Юнайтед» вышел в финал Кубка европейских чемпионов, в котором обыграл португальскую «Бенфику» со счётом 4:1, став первым английским клубом, выигравшим этот турнир[42]. Три игрока из этого состава «Юнайтед» выиграли «Золотой мяч»: Бобби Чарльтон, Денис Лоу и Джордж Бест[43]. В 1969 году Мэтт Басби покинул пост главного тренера, уступив его тренеру резервной команды и бывшему игроку «Юнайтед» Уилфу Макгиннесу[41].