Одна из особенностей, которые отличают «Футураму» от других сериалов — присутствие практически в каждом эпизоде шуток, связанных с программированием, математикой, физикой и другими областями науки. Отчасти это объясняется образованием авторов сериала, так, например, один из авторов, Кен Килер — доктор наук по специальности прикладная математика, а исполнительных продюсер Дэвид Коэн — магистр компьютерных технологий. В одном из интервью Коэн заметил, что авторы «хотели привнести в сериал максимум науки, насколько это возможно сделать, не мешая развитию сюжета. Наша надежда состоит в том, что хотя эти шутки будут незамечены значительной частью аудитории, они превратят в преданных поклонников тех, кому такой юмор будет интересен». ^[1]

Вот некоторые из множества таких ссылок:

• В эпизоде «A Fishful of Dollars» Фрай узнаёт, что 93 цента на его банковском счету выросли за 1000 лет со ставкой примерно в 2,25 % в год до суммы в 4,3 млрд долл.
• Серийный номер Бендера, номер на борту корабля «Нимбус» — 1729. Это так называемое число Рамануджана — Харди (наименьшее число, представимое в виде суммы двух кубов двумя способами).
• В эпизоде «Lesser of Two Evils» Бендер и Флексо смеются над тем, что оба их идентификационных номера (2716057 и 3370318) также выражаются в виде суммы двух кубов. Впрочем, первое число раскладывается только на сумму кубов положительного и отрицательного числа: 2716057 = 952³ + (-951)³, так что является скорее разностью кубов. Тем не менее, формально Бендер прав.
• В эпизоде «Mars University» Фрай посещает университет, где преподаёт профессор Фарнсворт. Можно видеть кадр с профессором, стоящим перед доской, на которой показаны иллюстрации к «суперпуперсимметричной струнной теории» — намёк на теорию суперструн.
• В эпизоде «The Luck of the Fryrish» есть ссылка на принцип неопределённости Гейзенберга: экипаж «Межпланетного экспресса» делает ставки на скачках, результат измеряется электронным микроскопом, и профессор Фарнсворт возражает: «Нечестно! Вы исказили результат измерением!».
• В одном из эпизодов было изображено некое «Пиво Клейна», продававшееся в бутылках Клейна
• В серии «A Clone of My Own» клон профессора чинит двигатель космического корабля, заявляя что «корабль стоит на месте, а двигатель перемещает вселенную». В том же эпизоде профессор Фарнсворт говорит, что придумал этот двигатель во сне, а в другом сне забыл как он устроен.
• В одном из эпизодов показан приступ Гексакосиойгексеконтагексафобии. Тогда робот испугался отражения в зеркале символов «0101100101» (1010011010₂ = 666₁₀)