Что такое слои?
Представьте себе вместо открытого вами документа лист бумаги, на котором нарисовано изображение. Дублирование слоя это еще один лист бумаги с вашим изображением.
Новый слой - это лист прозрачной пленки, (видели как рисуют мультики?) положеный поверх вашего изображения. Все слои - это стопка листов прозрачной пленки, на которых может быть копия исходного изображения/фотографии, заданной вами прозрачности или каких-нибудь других свойств.
Вы можете менять их местами, так же как листы бумаги или пленки. Указывать свойства. Редактировать каждый слой, сделав его активным.
Но, всегда помните - это все лишь листы пленки и командуете ими вы!
Главное в фотошопе - не бояться что-то испортить!