Фирма в 2006 работала на упрощенке, подписала договор в 2006 без ндс (договор, приложение, смета), нам была перечислена сумма от покупателя в платежках с ндс, затем фирма в 2007 перешла на класс.форму с НДС, но договор продолжался. Заказчики попросили закрыть перечисленную сумму в 2006 с НДС (что мы и сделали), но акт на эту сумму подписали с ними без НДС. В 2007 все подписывалось уже с НДС (сч-фактура, акты). Теперь покупатель ставит НДС в 2006 на возмещение, а налоговая им отказывает, ссылаясь что поставщик в 2006 был на упрощенке. Покупатель ругается и требует от нас переделать все бумаги, мы отказываемся это делать, т.к. скоро должна прийти встречка. Можем ли мы не платить НДС в бюджет за 2006, если договор и подписанные акты без ндс (кроме сч-фактуры), или как правильно договориться с покупателем???
______________________________________-

Если меня очень просят выставить счет-фактуру, то я выставляю, но делаю приписку: "НДС не облагается". Но обычно с Заказчиками сразу договариваемся о том, что мы не являемся налогоплательщиками НДС. В Вашем же случае я думаю, если 2006 г. так и остался на УСН, то можно выставить с-ф. с припиской "НДС не облагается" и НДС платить за 2006 г. не надо. Но если Вы уже в 2006 г. соскачили с УСН, то надо все пересчитать и уплатить налог.
__________________________________

Счет-фактуру с НДС выставили? Этого достаточно, что б Вы заплатили весь НДС по этой счет-фактуре в бюджет. ст.173 п.5 пп.1 "5. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется следующими лицами в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога:
1) лицами, не являющимися налогоплательщиками, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога;"
Но при этом Ваш покупатель не виноват, и может получить вычет по НДС. Судебная практика в его пользу есть.
А вот Вы попали, НДС придется государству отдать.
__________________________________
По большому счету Заказчик и не мог принимать к зачету НДС, имея смету и акт без НДС.
А если уж поставил к зачету, то надо же прилично делать, когда есть большая сумма к начислению, тогда бы и камералку не получили.
Если совести нет, так хотя бы аккуратность должна быть.
__________________________________

Ну, не надо вешать на заказчика всех собак. Виноваты обе стороны. Норма в законе есть - выставил счет-фактуру, обязан уплатить НДС в бюджет. Причем написано русским языком, и даже (редкий случай) без всяких неясностей. И сейчас пострадают обе стороны - упрощенца заставят заплатить НДС в бюджет, а у покупателя снимут вычет. И, кстати, если покупатель подаст в суд, он его скорее всего и выиграет. А вот продавец-упрощенец суд с налоговой наверняка проиграет.
______________________________________

Еще раз утверждаю, вина хоть и обоюдная, но в большей степени ЗАКАЗЧИКА. Я бы не поставил к зачету СОМНИТЕЛЬНЫЙ НДС, или сделал бы все аккуратно, не привлекая внимания ИФНС.
Так что пишите письмо, обязательно с отметкой о вручении и в случае встречной проверки подавайте с/ф без НДС.
У Заказчика по-любому из зачета этот НДС выбросят, так зачем же вашей фирме страдать.