в принципе - не очень страшно. только надо понимать, из-за чего произошло снижение стоимости. Если из-за пропорционального снижения объемов работ и это видно из имеющихся документов - особой беды нет. А вот если работа выполнена полностью, а стоимость ее снижена в 2 раза без объяснений - могут начаться глупые вопросы про неучтенную выручку и т.д. ИМХО в любом случае допик будет пользительно сделать.
ЗЫ: а ужи делать допик, то и новые сроки или календарный план выполнения работ туда стоит загнать.