Alex_dnt, рискуя предстать в твоих глазах законченным циником, я, все же, позволю себе усомниться в целесообразности участия, в подобном проэкте. Лекарство от рака это не только и не столько абстрактные вычисления молекулярных взаимодействий в неких модельных системах, сколько серьезные клинические исследования и большая лабораторная работа. Наведу простой пример. Представь, себе что вакцина от бешенства еще не найдена и некая группа ученых приступает к исследованиям. Ты можешь себе такое представить, чтобы вместо выделения специфического антигена и создания на его основе вакцины, они принялись вдруг создавать компьютерные модели? Как можно создать компьютерную модель не зная наверняка что моделировоть?
На сегодняшний день никто определенно не знает что такое рак. Существуют несколько противоречивых теорий. НЕВОЗМОЖНО создать сколь нибуть удовлетворяющую хоть чему-нибудь модель и заняться поиском каких-то соединений обладающих какой-то активностью в этих условиях. Компютерные модели создаються только когда точно известны структуры соединений и точно заданны условия реакции и ни как иначе.
Если честно, я вообще себе представить не могу какие такие распределенные вычисления кто-то там производит. Исходя из своих скромных познаний в биологии и моделировании биологических систем, могу предположить только, что вас попросту обманывают.
Если ты можешь предоставить ссылки проливающие свет на суть этих исследований и что именно в них определяеться и как, с радостью почитаю.

Из описания программы ясно только то, что твой компьютер имеет гору свободных ресурсов которые умные дяди придумали как использовать. И поскольку твой процессор действительно не напрягается пока ты не играешь в супер-пупер 3д цацку, ты можешь дать немножко времени процессора этим умным дядям и они сделают всем счастье.
Представь что к тебе приходит человек и говорит, что ты своей шубой летом не пользуешся и она простаивает, а доблесные полярники в это время мерзнут во льдах. Он предлагает тебе отдать куртку поносить доблесным полярникам и тебе ее вернут как только похолодает. Гарантированна полная сохранность куртки и возмешение ущерба в случае если ее замарают или разорвут. Согласился бы ты ее отдать? Я, нет. И знаешь почему? Потому, что я точно знаю что доблесные полярники ничуть в моей куртке не нуждаються. Просто мне вешают лапшу на уши.
Вот и в этом случае. Я знаю что невозможно найти лекарство от рака таким образом как предлагаеться. Более того, так его никто не ищет и никогда так искать не будет. Следовательно, прикрываясь благородными целями кто-то будет использовать неизвестно как время твоего процессора.

эстет, вполне законное сомнение.

В ответ, позволю себе привести цитату сообщения из нашего форума , автор сообщения - сам врач, только российский.

Q. Почему вы уверены, что THINK считает именно лекарства, а не ядерное оружие.
A. Потому что компания Treweren Consultants продает THINK как коммерческий продукт фармацевтическим компаниям.Можно скачать с их сайта коммерческий вариант THINK и сравнить их содержимое
Надеюсь, вы не думаете, что им продают симулятор ядерного оружия....
Q. Ok, я отправил результаты счета на сервер. А дальше что?
1. Из хитов выбираются такие, которые имеют группу "похожих" и которые можно легко синтезировать (чтобы не синтезировать 100 похожих соединений)
2. Их синтезируют
3. Лабораторные испытания - направлены на то, чтобы узнать, связывается ли хит с белком-целью
Используется либо
а) свойство кокристаллизации - когда в растворе хит связывается вместе с белком и выпадает вместе с ним в виде кристаллов
б) метки - молекулу хита метят например радиоактивным атомом, запускают в раствор с белком, затем белок отмывают от раствора. Если после
этого белок становится излучающим - значит, хит связался с ним.
4. Для рака - это эксперименты в клеточной культуре. Ингибирует ли хит рост опухолевых клеток.
5. Дальше следуют предклинические испытания. Цель этих испытаний - убедиться в том, что хит в организме животных не преобразуется в другое вещество, не быстро выводится, как распределяется по органам , не вызывает опасных побочных эффектов и так далее.
6. Затем проводятся эксперименты на эффективность в живом организме животных (если это возможно - например, для некоторых видов опухолей)
7. Затем проводятся клинические испытания. Главной их целью является получить доказательства тому , что препарат оказывает эффект. Обычно они
проводятся в нескольких клинических центрах, где часть пациентов получает препарат, а часть - сахарозу с мелом (т.н. плацебо). Причем и то, и другое
расфасовывается в капсулы одинакового цвета и размера. И они называются соответственно препарат А и препарат В. В идеале даже человек, руководящий испытаниями, не должен знать, что препарат А - это плацебо.
8. Результаты статистически обрабатываются. Если результаты контрольной группы и группы, получавшей препарат, достоверно различаются в хорошую сторону, то препарат считается доказанно эффективным.
Причем необходимое финансирование на каждом этапе увеличивается во много раз. В последних этапах могут участвовать до 50-100тысяч пациентов.
И соответсвенно очень мало молекул доходят до 8 этапа.
У любого крупного проекта денег на все стадии все равно не хватит, поэтому они пользуются для некоторых этапах спонсорскими деньгами или передают результаты ранних этапов фармацевтическим компаниям. Проект Find-A-Drug сотрудничает с небольшими фармацевтическими компаниями, все доходы от лицензирования молекул будут тратиться только на финансирование проекта Find-A-Drug.
(Все это, конечно, упрощение)

Надеюсь, это сообщение даст какие-то ответы на твои вопросы.

Если есть желание почитать о проекте, то вот официальная страница http://www.find-a-drug.biz

Вот страница поддержки проекта, разработанная членами нашей команды http://www.overclockers.ru/TSC/faddesc.shtml

И, наконец, вот форум нашей команды, где всегда можно получить ответы на любые вопросы, связавнные с проектом http://www.overclockers.ru/TSC/faddesc.shtml

И, огромное спасибо за внимание к проекту.
Твое внимание и мнение тем более ценно для меня, что ты специалист в схожей области науки.

И еще, вот интервью с Кейтом Дэвисом (Keith Davis), организатором и идейным вдохновителем проекта Find-A-Drug.

Кит, расскажите немного о себе.

Я химик по образованию, работаю с программным обеспечением уже 20 лет – с тех самых пор как оставил Исследовательское Общество Оксфордского Университета (Research Fellowship at Oxford University) и основал Chemical Design. Мы были одной из первых компаний в области вычислительной химии. В 1996 году мы стали открытым акционерным обществом, а в 1998 завоевали Королевскую награду за Экспорт (Queen's award for Export). Я управлял компанией вплоть до 1997 года, после чего мы решили ее продать Oxford Molecular (ныне часть Accelrys). С тех пор я продолжал заниматься исследованиями в области разработки программного обеспечения для отыскания лекарств. Благодаря научному проекту, который United Devices предложила Оксфордскому Университету, я обратил внимание на распределенные вычисления. Именно тогда я предложил использовать THINK software для отыскания лекарства рака.

Расскажите подробнее о THINK software?

Сведения о человеческом геноме позволяют совершенно по-новому взглянуть на создание лекарств. 20 лет назад мы имели представление о структуре и предназначении всего лишь нескольких белков. Сегодня мы владеем информацией о более чем 20 тыс. белковых структур, а также имеем программное обеспечение, которое может моделировать такие структуры. Компьютерные программы могут вычислить, какие молекулы будут взаимодействовать с белками, а какие нет. При этом стоимость компьютерного исследования намного меньше аналогичного лабораторного испытания. Более того, для компьютерных расчетов вовсе не нужна физическая модель, это снижает не только стоимость, но скорость проведения исследования.
Пожалуй, самым захватывающим аспектом использования THINK является та скорость, с которой компьютер может рассчитывать способность молекулы соединяться с белком. Большое количество ПК позволяет проверить миллиарды молекул потенциального лекарства, тогда как лабораторные методы обычно исследуют 100 тыс. молекул. Очевидно, что возможности ПК позволяют находить более безопасные и эффективные лекарства.

Что собой представляет проект Find-a-Drug?

Find-a-Drug – это проект, не предназначенный для извлечения прибыли. Он финансируется моей консультационной компанией Treweren Consultants, которая разработала THINK software. Мы сотрудничаем в основном с учеными, которые могут помочь в выборе целей исследования (то есть белков). Проект много выиграл благодаря моему предыдущему опыту, полученному от United Devices и Intel. Мы расширили область исследуемых заболеваний и свое сотрудничество с группами ученых и биотехниками. На практике мы все время используем компьютеры, это позволяет корректировать наши действия и делать их более эффективными (у нас нет лишней рабочей силы, и мы можем постоянно следить за результатами работы).

Каковы масштабы проекта Find-a-Drug?

Оценить масштабы проекта можно несколькими способами: по количеству закачек с нашего сайта, по числу ПК или по количеству отдельных пользователей. Общая картина сложнее, чем кажется: у одного пользователя может быть 10 или 100 компьютеров, зато другой пользователь может переписать себе ПО и через несколько дней стереть его. Сегодня у нас более 13 тыс. зарегистрированного ПО для 3700 пользователей (у каждого свой уникальный адрес).
Есть хороший способ оценить с научной точки зрения результаты нашей работы – это подсчитать количество молекул, которые мы обрабатываем. Этот показатель составляет от 2 до 5 миллионов молекул в день (точный результат зависит от конкретного исследуемого белка). Стоит отметить, что наш результат лучше, чем у других проектов распределенных вычислений, которые насчитывают намного большее число членов. Таких хороших показателей нашему проекту удалось достичь благодаря высокой скорости THINK software и отсутствию излишек вычислительных ресурсов (члены проекта проделывают одни и те же вычисления несколько раз, чтобы проверить результаты работы друг друга).

Чем еще Find-a-Drug отличается от других распределенных проектов?

Есть несколько других проектов распределенных вычислений, занимающихся медицинскими исследованиями. Исследование белков является основным для вычислительно химии, разработка программного обеспечения для таких проектов занимает годы. Лишь после этого исследования могут принести существенный вклад в создание лекарств путем моделирования сложных белковых структур.
Если сравнивать Find-a-Drug с другими проектами, имеющими виртуальный картинки, то наш проект охватывает более широкий спектр заболеваний и обладает более быстрым ПО. Мы также прилагаем много усилий к отображению результатов работы в любой момент времени. С точки зрения членов проекта, Find-a-Drug не загружает сеть, имеет несколько интернет-серверов и не требует много ресурсов памяти. То есть наш проект, работая в фоновом режиме, никак не мешает пользователю взаимодействовать с другими программами.

Какой смысл кому-то участвовать в вашем проекте?

Люди, которые потеряли своих родственников или друзей в результате неизлечимой болезни, могут помочь найти лекарство и спасти тех, кто еще жив. Многие пользователи просто получают удовольствие, участвуя в проектах подобного рода. Например, они могут посмотреть сколько молекул обсчитал их компьютер и т.д.

Какова ваша роль в проекте?

Я являюсь научным директором проекта, то есть занимаюсь им день ото дня. К тому же я модифицирую THINK software, когда требуется. Также я отвечаю на вопросы в форуме, разъясняю особенности нашего ПО и т.д.

Какая техническая основа заложена в проект Find-a-Drug?

Суть проекта в том, чтобы отыскать молекулы, которые могут взаимодействовать с конкретными белками. Такие молекулы могут являться лекарством, если они соответствующим образом воздействуют на нормальные функции белков. Например, белки рака приводят к росту опухоли, а нам удалось отыскать молекулы, которые ему препятствуют. Подробности доступны здесь: http://www.find-a-drug.org/press5a.html. Те же самые принципы лежат в основе ВИЧ, атипичной пневмонии, рассеянного склероза, чумы и т.д.

Вы не могли бы подробнее объяснить биологическую суть проекта? Я, например, не очень понимаю, как молекулы, взаимодействующие с белками, могут быть чем-то полезны.

Чтобы понять принцип работы лекарства часто используют аналогию «замок и ключ». Белок в таком случае является замком, контролирующим какой-то биологический процесс, а молекулы лекарства не что иное, как ключ. Если с помощью ключа открыть замок, то биологические функции белка активируются и усиливаются. Если же все сделать наоборот, то есть закрыть замок, то активность функций белка снижается. На данный момент мы ищем такие лекарства, которые обязательно должны препятствовать активности белка и останавливать рост опухолей.

Какова вероятность того, что проект сможет как-то помочь медицине?

Вычислительная химия уже внесла большую лепту в открытие многих современных лекарств. Чтобы превратить молекулу, которая недавно была открыта и которая нужным образом воздействует на белок, в лекарство, которое можно продавать на рынке, требуется проделать большую работу. Анализы показывают, что 90% молекул, проявляющих активность в лабораторных условиях, позже оказываются абсолютно непригодными из-за внешних воздействий (например, токсичности) или еще каких-то факторов, не предусмотренных в тестах. Наша основная цель выбрать из огромного числа молекул только те, которые имеют наивысшие шансы пройти лабораторные испытания и которые соответствуют проводимому исследованию. Если говорить словами практика, то при достаточном финансировании и качестве проводимых нами исследований очень вероятно, что мы откроем лекарство в самые ближайшие годы.

Есть ли уже случаи, когда распределенные вычисления, проводимые различными компьютерами через Интернет, открыли какое-нибудь лекарство?

Системы на основе полуавтоматического виртуального моделирования (известного как создание лекарств на основе структур) смогли построить молекулы, которые противодействуют некоторым белкам, например, ВИЧ. Метод, который мы используем, является автоматизированным полностью, но в его основе лежит та же научная база, что и во всех системах виртуального моделирования. Тем не менее, нам могут потребовать 5-10 лет, чтобы понять, как использовать некоторые молекулы.

Как я понимаю, клиентская часть устанавливается на компьютерах пользователей. Именно она перебирает разные молекулы и проверяет их реакцию с белком. Правильно?

Да, клиент THINK software генерирует сотни тысячи или миллионы различных 3D-форм или структур и каждую из них он тестирует на реакцию с белком.

Получается, что для каждого заболевания нужен свой клиент?

Один и тот же клиент используется для всех белков. Иногда надо просто выбирать различные опции в программе, но внутренний код одинаков для всех случаев.

А что означают цветные шарики рядом с каждым названием заболевания (http://www.find-a-drug.org/projects.html)?

К сожалению, у нас нет локализованных сайтов и программного обеспечения. Тем не менее, участниками нашего проекта являются люди более чем из 50 стран мира. Мы стараемся использовать графические иконки вместо слов, чтобы облегчить пользователю навигацию и получить информацию о статусе проекта. Это помогает. Например, цветные шарики информируют о статусе проекта и наличии запросов. Зеленые шарики показывают, что молекулы еще исследуются.

Участие в вашем проекте может помочь всему миру и всем людям?

Наша цель найти лекарство для жизненно опасных заболеваний. Применение стандартного лечения для них ограничено или неудовлетворительно. Случаи заболеваний малярией, туберкулезом или ВИЧ постоянно увеличиваются в Африке. Медицинское лечение там слишком дорогое или удалено от жителей. В западном мире каждый четвертый человек более раком, но смертность очень маленькая. Это происходит потому, что лучше медицина и меньшее число людей курит. Тем не менее, рак остается одной из главных причин смерти.

Если наши читатели хотят участвовать в проекте, что им надо сделать?

Подробная информация об этом есть здесь: http://www.find-a-drug.org. Здесь же можно скачать ПО. При этом автоматически перепишется информация о 10 тыс. молекул (работа для ПК на 10 часов). Результат потом автоматически возвращается к нам на сервер, а данные по новым молекулам снова переписываются. Пользователи могут выбрать сами: использовать ли ПО в фоновом режиме без графики, установить его в качестве screen-saver или отображать молекулы в маленьком окне внизу экрана.

А клиентская часть маленькая?

Скачивать придется 1.5 Мб, на диске клиент займет 8 Мб. То есть даже самые старые ПК могут участвовать в процессе поиска лекарства.

Какое соединение с Интернетом требуется клиенту?

ПО проектировалось таким образом, чтобы максимально эффективно использовать соединение dial-up. Стандартный размер запроса о белке равен 50 Кб, а пакет с данными о 10 тыс. молекул составляет 5 Кб. Обычно пользователи исследуют несколько пакетов, соответствующих одному белку, одновременно. Результат работы во многом зависит от количества отысканных молекул, но обычно не превышает 1 Кб.

Загрузка проффесиональна, но неубедительна. Особенно коробит натренированное зрение, смешивание в одну кучу бактериальных болезней (чума, туберкулез), вирусных (ВИЧ), и неизвестной природы (РАК). Все они требуют совершенно разных подходов к исследованию проблемы и поиску лекарств. Самое лучшее, что придумали на сегодня для борьбы с бактериальными и некоторыми вырусными заболеваниями -- вакцинирование. Если уж человек заболел есть еще антибиотики. Это второй бастион защиты. Они уже не так безопастны как вакцинация, но действуют хорошо. Существует очень мало чисто химических соединений, которые успешно используют в борьбе с болезнями, все они, как правило очень вредны и прибегают к ним в самых критических случаях. Для того чтобы с болезнью бороться надо выбрать мишень в которую нужно стрелять. Вакцинирование дрессирует специальные клетки организма бороться с врагом. Вводиться антиген (белок) специфичный для данного микроба. Клетки имунной системы вырабатывают антитела на этот белок и запоминают его. Теперь, если настоящий возбудитель попадет в организм клетки имунной системы узнают его и быстро соорудят оружие по "уже готовым чертежам". С ВИЧ так трудно бороться потому, что он поражает именно имунную систему. Лишает человека его естественной защиты от всех болезней. Рак это вообще отдельная история. Он развиваеться в следствие длительного воздействия на клетки организма канцерогенов, нарушаюших нормальный клеточный метаболизм, или вследствие врожденных генетыческих дефектов, или вследствие лучевого поражения ДНК клеток организма. Рак это неконтролируемое деление совместно с нарушением функий клеток. Причины его точно неизвестны, полагают, что ними есть повреждения в ДНК. Сейчас существует достаточно химиотерапевтических средств для лечения рака. Все они действуют плохо и имеют ужасные побочные последствия. Ничего нового путем рассрсредоточенного подбора структур не откроют. Может быть еще одно средство замедляющее рост опухоли и разрушающее весь организм. И то, сильно я в этом сомневаюсь. Умные дяди говорят о белках, но никто не упоминает какие же конкретные мишени к которым молекулы с нужной структурой подбирать то будут. Думаю, этого они и сами не знают. Они говорят -- мы нашли столько-то новых структур которые замедляют рост опухоли, никто тем не менее не спешит показывать их формулы или сообщать на что конкретно они влияют чтобы рост замедлить. А ведь для такого моделирования, какое они делают нужны вполне определенные мишени. Сам знаешь -- невозможно решить уравнение, где все величины неизвестны.
В общем, лапша это все. И валиться на уши она большими кусками. Пора уже стряхивать.
Кроме всего прочего, не так-то просто синтезировать какое-то абстрактное соединение. Зачастую оказываеться, что они просто невозможно... в принципе. Даже антибиотики химическим путем научились синтезировать только некоторые. Остальные заставляют синтезировать бактерии. Но для этого нужен ген кодирующий это чудо. И тот ген вставляют в геном бактерии, а она уж бедняжка трудиться. А если нету гена?

эстет
blackbird отвечает на первый твой пост:

Материалы по теме.
Виртуальный скрининг по определению не может проводиться без:
а. Знания кристаллической структуры белка
б. Понимания механизма, за который отвечает белок
в. Определенной доли уверенности, что блокирование механизма поможет достичь желаемого терапевтического эффекта

Если взять в качестве примера вирус бешенства, то для примера сначала производим поиск в Pubmed по ключевым словам rabies drug target. Находим вот этот абстракт. Там описывается фосфопротеин рабивируса в качестве возможной цели для ингибирования репликации вируса.
Затем ищем его кристаллическую модель в structure и не находим. Т.е. у нас есть 2 фактора из 3-х. Конечно, дискуссионные вопросы оставались бы и при наличии 3D структуры, но определенные сложности при определении, чего надо моделировать и насколько это научно обосновано, тут показаны. На сайте ФАД есть ссылки на статьи по каждой цели, так что, наверное, стоит их обсуждать в отдельности, если есть такое желание. Это я про выбор целей по проекту Cancer - обсуждать общие вопросы, как мне кажется, не стоит.

Кстати, по словам "виртуальный скрининг" тот же яндекс выводит много полезного.

ps если не затруднит, и есть интерес пообщаться на тему, можешь прийти вот в эту ветку нашего форума. Или здесь продолжим.

Исходное сообщение эстет
Загрузка проффесиональна, но неубедительна. Особенно коробит натренированное зрение, смешивание в одну кучу бактериальных болезней (чума, туберкулез), вирусных (ВИЧ), и неизвестной природы (РАК). Все они требуют совершенно разных подходов к исследованию проблемы и поиску лекарств.

Спора с этим нет. Но поиск вакцин методом РВ пока не реализован. Поэтому РВ используются только для одного способа лечения - воздействие химическими веществами на определённые белки, влияющие на течение того или иного заболевания. Т. е., создаются не вакцины, а ЛЕКАРСТВА. Среди них, в принципе, могут быть и антибиотики.

Самое лучшее, что придумали на сегодня для борьбы с бактериальными и некоторыми вырусными заболеваниями -- вакцинирование.

Пока, однако, этот вид борьбы с болезнями недоступен для РВ. Возможно, всё впереди.

Если уж человек заболел есть еще антибиотики. Это второй бастион защиты. Они уже не так безопастны как вакцинация, но действуют хорошо. Существует очень мало чисто химических соединений, которые успешно используют в борьбе с болезнями, все они, как правило очень вредны и прибегают к ним в самых критических случаях.

Да, но вред от эритромицина не перекрывает его полезного эффекта при лечении того или иного заболевания.

Для того чтобы с болезнью бороться надо выбрать мишень в которую нужно стрелять.

Списки белков-целей с описаниями приведены на сервере проекта. Их обозначения являются общепринятыми. Также FADSPY - модуль от нашего товарища по команде Blackbird (врач и по совместительству программист), скачивает описания для этих целей из интернета.

Рак это вообще отдельная история. Он развиваеться в следствие длительного воздействия на клетки организма канцерогенов, нарушаюших нормальный клеточный метаболизм, или вследствие врожденных генетыческих дефектов, или вследствие лучевого поражения ДНК клеток организма. Рак это неконтролируемое деление совместно с нарушением функий клеток. Причины его точно неизвестны, полагают, что ними есть повреждения в ДНК.

Проект не ставит цель найти панацею - лекарство от всех видов рака. Это невозможно - они разны как по причинам, так и по протеканию, типичным очагам и химизму, видимо. Поэтому ищутся лекарства против конкретных видов рака.

Сейчас существует достаточно химиотерапевтических средств для лечения рака. Все они действуют плохо и имеют ужасные побочные последствия.

Именно для этого и проект. Перебрать побольше, чтобы найти что-то получше.

Ничего нового путем рассрсредоточенного подбора структур не откроют.

Вы специалист по РВ и виртуальному скринингу? Серьёзно, насколько вы знакомы с этими методиками, знаете ли, что такое фармакофоры, чем этот метод отличается от докинга?

Может быть еще одно средство замедляющее рост опухоли и разрушающее весь организм. И то, сильно я в этом сомневаюсь.

Просто потому что. Так?

Умные дяди говорят о белках, но никто не упоминает какие же конкретные мишени к которым молекулы с нужной структурой подбирать то будут.

Ещё раз предлагаю посетить сайт проекта Find-a-Drug и там лично посмотреть белки-цели и их описания.

Думаю, этого они и сами не знают. Они говорят -- мы нашли столько-то новых структур которые замедляют рост опухоли, никто тем не менее не спешит показывать их формулы или сообщать на что конкретно они влияют чтобы рост замедлить.

То, что в данном случае вы думаете - опять же это из области домыслов. Вы не знаете, но предполагаете, "потому что". (подозреваю, потому что "вокруг все сволочи и хотят только бабок, секса и власти")
Что касается раскрытия информации о тестированных соединениях - то скажите, какая компания будет поддерживать проект Find-a-Drug финансово, если потенциальные лекарства будут выкладываться в открытый доступ сразу? Зачем? Чтобы Pfizer или Shering первыми провели тесты и запатентовали лекарство? Вы забываете, что пока нет тестов, это ещё не лекарства, и они не патентованы. А значит, кто первый принёс заявку, тот и хозяин.
Как бы цели проекта - иные, чем стать бесплатной кормушкой для фарм. гигантов, которые ессно опередят всех других в тестировании потенциальных лекарств.

В общем, лапша это все. И валиться на уши она большими кусками. Пора уже стряхивать.

Ну, или быть малость более конструктивным, а не выступать в роли ворчуна с печи. Ведь вы даже не щёлкнули на клавиатуре полтора десятка клавиш www.find-a-drug.org

Кроме всего прочего, не так-то просто синтезировать какое-то абстрактное соединение. Зачастую оказываеться, что они просто невозможно... в принципе.

Вообще говоря, соединения берут не из воздуха и не механическим сложением пестиков и тычинок, то бишь атомов в молекулы, а из баз данных веществ. Это во всех проектах так, берут готовые наборы молекул и тестируют применительно к конкретным белкам. Независимо от метода тестирования (в TSC был докинг, а в Find-a-Drug фармакофоры).

И оставим технические сложности синтеза фармацевтам. Пусть они напрягаются. Нет совсем нерешаемых проблем, в конце концов. Если одно вещество и окажется случайно трудносинтезируемым, у него могут быть собратья с лучшими способностями к синтезу.

Для того чтобы с болезнью бороться надо выбрать мишень в которую нужно стрелять.

Списки белков-целей с описаниями приведены на сервере проекта. Их обозначения являются общепринятыми. Также FADSPY - модуль от нашего товарища по команде Blackbird (врач и по совместительству программист), скачивает описания для этих целей из интернета.

Это интересная информация, обязательно посмотрю.

Рак это вообще отдельная история. Он развиваеться в следствие длительного воздействия на клетки организма канцерогенов, нарушаюших нормальный клеточный метаболизм, или вследствие врожденных генетыческих дефектов, или вследствие лучевого поражения ДНК клеток организма. Рак это неконтролируемое деление совместно с нарушением функий клеток. Причины его точно неизвестны, полагают, что ними есть повреждения в ДНК.

Проект не ставит цель найти панацею - лекарство от всех видов рака. Это невозможно - они разны как по причинам, так и по протеканию, типичным очагам и химизму, видимо. Поэтому ищутся лекарства против конкретных видов рака.

В этой части комментания, я пытался сказать, что нельзя рак сравнивать с болезнями вызванными внешними возбудителями (микробами и вирусами). В случае рака, Рак это не нападение извне, а бунт на корабле. Рак не есть заболеванием, которое будет когда либо предотвращаться вакциной. Это как пытаться вакцинировать инсульт или инфаркт. Соответственно, требуються и иные подходы к разработке лекарств.

Ничего нового путем рассрсредоточенного подбора структур не откроют.

Вы специалист по РВ и виртуальному скринингу? Серьёзно, насколько вы знакомы с этими методиками, знаете ли, что такое фармакофоры, чем этот метод отличается от докинга?

Не знаком и не знаю. Может быть потому и спорю, что хочу больше узнать. С другой стороны, я немножко знаком с белками, с тем как они устроены и как они работают. Структура белка расшифрованная ренгеноструктурным анализом из закристализованного образца не дает информации о том какой этот белок в рабочем состоянии. Ведь в рабочем состоянии, в растворе, он имеет совсем иную конформацию. Лучше уж смоделировать возможную рабочую конформацию белка исходя из его полипептидной последовательности.

Может быть еще одно средство замедляющее рост опухоли и разрушающее весь организм. И то, сильно я в этом сомневаюсь.

Просто потому что. Так?

Нет. Просто потому, что эффективность используемого подхода низкая

Умные дяди говорят о белках, но никто не упоминает какие же конкретные мишени к которым молекулы с нужной структурой подбирать то будут.

Ещё раз предлагаю посетить сайт проекта Find-a-Drug и там лично посмотреть белки-цели и их описания.

Уже видел. С мишенями все более или менее в порядке. Вопрос снят.

Думаю, этого они и сами не знают. Они говорят -- мы нашли столько-то новых структур которые замедляют рост опухоли, никто тем не менее не спешит показывать их формулы или сообщать на что конкретно они влияют чтобы рост замедлить.

То, что в данном случае вы думаете - опять же это из области домыслов. Вы не знаете, но предполагаете, "потому что". (подозреваю, потому что "вокруг все сволочи и хотят только бабок, секса и власти")
Что касается раскрытия информации о тестированных соединениях - то скажите, какая компания будет поддерживать проект Find-a-Drug финансово, если потенциальные лекарства будут выкладываться в открытый доступ сразу? Зачем? Чтобы Pfizer или Shering первыми провели тесты и запатентовали лекарство? Вы забываете, что пока нет тестов, это ещё не лекарства, и они не патентованы. А значит, кто первый принёс заявку, тот и хозяин.
Как бы цели проекта - иные, чем стать бесплатной кормушкой для фарм. гигантов, которые ессно опередят всех других в тестировании потенциальных лекарств.

С этим не совсем согласен. Если проэкт открытый он должен быт открытым до конца. Ведь вы предоставляете свои компьютеры им не спрашивая о том, что вам за это будет. Ну кроме светлого будущего, конечно. Вы хотите лекарство найти? Прекрасно. Поскорее хотите найти, чтобы всем было хорошо? Великолепно. Тогда при чем здесь патентирование? Вы сами говорите, фармакокомпании смогут протестировать быстрее, значит и лекарство появиться быстрее. А будет оно эффективным, будет на него и спрос. И чем больше будет обьем продаж тем дешевле оно будет. Но дяди хотят запатентовать его сами, пусть на это уйдет гораздо больше времени. А вам то какая разница в том кто запатентует. Вы то в любом случае за лекарства платить будете. Если, к примеру, "Линукс" открытое ПО, то его и скачать можно бесплатно. С лекарством такое не случиться. Открытость некоммерческого проэкта, полная информация обо всех успехах -- залог быстрого прогресса на пути к созданию новых лекарств. Ну, а если кто-то хочет срубить бабки, а вы пашете на него потому, что лекарство от рака это счастье для всех, то это полная лажа. Когда ученый исследует влияние некого вещества на клетку он пишет об этом статью и всем сразу же становиться проще работать в этой области потому, что все могут использовать открытый факт в своих исследованиях и учитывать его. Если вы все работаете на кого-то и не знаете результатов потому, что кто-то хочет что-то запатентовать и быть первым -- то какой же здесь прогрес и благоденствие для всех и быстрый путь изобрести новое лекарство от рака?

В общем, лапша это все. И валиться на уши она большими кусками. Пора уже стряхивать.

Ну, или быть малость более конструктивным, а не выступать в роли ворчуна с печи. Ведь вы даже не щёлкнули на клавиатуре полтора десятка клавиш www.find-a-drug.org

Я не ворчу, а внимательно читаю ваши ответы и пытаюсь доказать вам, что проэкт плох или согласиться с вами что он хорош. Фраза с лапшой это кусочек экспрессии, выражающей мои чувства связанные с этим проэктом на данный момент. Остальная же часть комментария к чувствам никак не аппелирует.

И оставим технические сложности синтеза фармацевтам. Пусть они напрягаются. Нет совсем нерешаемых проблем, в конце концов. Если одно вещество и окажется случайно трудносинтезируемым, у него могут быть собратья с лучшими способностями к синтезу.

Синтез преррогатива скорее химиков и биохимиков, а не фармацевтов. Но я не о том хотел сказать. Вот тут промелькнула информация о том, что в проэкте используються белки с известными конформациями к которым подбираються известные же таки молекулы или хиты, или как там они правильно называються. Тоесть, попросту тасуетется информация из двух баз данных. Позволю себе немного экспрессии. В связи с этим вспоминаеться анекдот о Кае который складывал во дворце снежной королевы из кубиков с буквами Ж.О.П.А слово "вечность".

эстет, ты извини, что я занял роль посредника, но я значительно хуже разбираюсь в предмете..

blackbird:

смешивание в одну кучу бактериальных болезней (чума, туберкулез), вирусных (ВИЧ), и неизвестной природы (РАК). Все они требуют совершенно разных подходов к исследованию проблемы и поиску лекарств.

Молекулярные механизмы достаточно схожи, если смотреть на взаимодействие рецептор-малая молекула, а не на более высокие уровни.

Самое лучшее, что придумали на сегодня для борьбы с бактериальными и некоторыми вырусными заболеваниями -- вакцинирование

Если у нас только в кишечнике живут более 1500 видов бактерий, то сколько вакцин надо? Я даже не касаюсь трудностей с выделением нужных штаммов и т.д... Вообще я бы порекомендовал RTFM по теме.

Рак это неконтролируемое деление совместно с нарушением функий клеток. Причины его точно неизвестны, полагают, что ними есть повреждения в ДНК. Сейчас существует достаточно химиотерапевтических средств для лечения рака. Все они действуют плохо и имеют ужасные побочные последствия.

Противоречие в последнем предложении... Если не устраивает препараты, то, вестимо, их недостаточно.

Умные дяди говорят о белках, но никто не упоминает какие же конкретные мишени к которым молекулы с нужной структурой подбирать то будут.

Упоминают (жирный цвет) http://www.find-a-drug.org.uk/cancer-tab.html#Cancer :

Casein Kinase 2
Protein kinases play key roles in signal transduction and therefore are among the most attractive targets for drug design. Casein Kinase 2 (CK2) is implicated in a variety of cellular functions and misfunctions. In tumours it is often present in abnormally higher concentrations, suggesting that inhibition may be of therapeutic value.
In tests, jobs took longer than typical jobs and gave more hits than usual.
query: 1M2R-Q1

Кроме всего прочего, не так-то просто синтезировать какое-то абстрактное соединение. Зачастую оказываеться, что они просто невозможно... в принципе. Даже антибиотики химическим путем научились синтезировать только некоторые. Остальные заставляют синтезировать бактерии. Но для этого нужен ген кодирующий это чудо. И тот ген вставляют в геном бактерии, а она уж бедняжка трудиться. А если нету гена?

Все молекулы, которые используются в качестве базовых в заданиях, коммерчески доступны или возможен их синтез из коммерчески доступных. Используются фильтры, которые отсеивают "неустойчивые" молекулы. Что касается антибиотиков - все из них возможно синтезировать химическим путем. Бактерии же используют потому что это дает более дешевый продукт. По поводу вставки гена в бактерию - опять-таки RTFM.

Alex_dnt, а ты знаешь расшифровку аббревиатуры RTFM? А то я туп и иначе как "Read The Fucking Manual" это не воспринимаю.

эстет ну да. У нас тут вроде как устоявшееся даже выражение.
Можно, конечно, читать как read the full manual.
Тебе это кажется обидным?

эстет, можно вопрос? Какими качествами должен обладать подобный проект, чтобы ты принял в нем участие?

Исходное сообщение Temytch
эстет, можно вопрос? Какими качествами должен обладать подобный проект, чтобы ты принял в нем участие?

Проэкт должен быть прозрачным. Полученные результаты должны быть общедоступны.
Мне тут писали, что прозрачным он быть не может потому, как данные будут украденны и использованы большими фармакомпаниями. Соответственно, разработчики не получат финансирования для дальнейших шагов в нелегком деле борьбы с раком. В этой связи могу только сказать, что для получения финансирования от неких организаций могущих его предоставить, нужно написать некое большое, ну очень большое, сочинение в котором подробнейше описать что уже тобою сделанно в этом направлении и что ты планируешь делать дальше. И только тогда тебе может быть дадут деньги. Тоесть, если ты куда-то придешь и скажешь дайте денег поскольку у меня крутой прожект, но я вам его не покажу ибо знаю вас сволочей -- украдете. Никто тебе ничего не даст. (у меня есть некоторый опыт в области получения финансирования для научных исследований)

Но это все детали и повторение.
Мое окончательное мнение таково -- проэкт должен быть полностью открытым.

Субьективно могу еще сказать, что не очень впечатлился научными обоснованиями проэкта. Я уже писал, что, случайно, достаточно много знаю о функционировании и структере белков, чтобы воспринимать эффективность такого скрининга или, что это там такое, скептически.

эстет, Ну, если это твое "заднее" слово:), то про Find-a-Drug наверное можно больше не говорить. А может быть тебе тогда подойдет Foldind@Home? Все же лучше чем ничего...