Приняв предложение возглавить Океанографический музей в Монако, он переезжает туда вместе с семьей и целиком отдается океанографическим исследованиям. В шестидесятые годы Кусто осуществил обширную научную программу "Коншельф", направленную на исследование, освоение и "обживание" континентальных шельфовых зон. На подводном карнизе кораллового рифа Шаб-Руми в Красном море он установил "Морскую звезду" - металлический дом, рассчитанный на длительное проживание пяти акванавтов, и еще ниже, на глубине 15 метров, "Ракету" - кабину на два человека. Используя их в качестве базы для подводных работ, он в течение месяца проводил океанографические исследования, причем обитатели "Ракеты" спускались до глубин 110-120 метров. В ходе экспериментов были получены ценные сведения об обитателях морских глубин, но, по мнению Кусто, "самым важным было захватывающее сознание того, что море стало нашим домом".

 

Осенью 1965 года в Средиземном море, близ Монако, на глубине 110 метров был установлен шаровидный дом, в котором шестеро акванавтов провели двадцать три дня.

 

В начале 1967 года Кусто приступил к новой научной программе - исследованию жизни на разных широтах Мирового океана и взаимоотношений с ней человека. В феврале "Калипсо", оснащенная аппаратурой для подводных киносъемок, телевизионными камерами и двумя одноместными подводными лодками для погружения до 500 метров, вышла из Марселя. Исследования проводились в Красном море и западной части Индийского океана. Главным объектом исследования были акулы. О результатах экспедиции Кусто подробно рассказал в своих книгах - "Чтобы не было в море тайн" и "Калипсо" и кораллы".

 

Экспедиция продолжала работы в Атлантическом океане. На этот раз Кусто выступил в новой роли - одного из основателей подводной археологии. У острова Святой Елены и на Серебряной банке экспедиция обнаружила несколько затонувших кораблей.