Это видимо как раз тот самый случай, когда первая часть самая удачная...

Да она не самая удачная.
Она была первая в своем роде.
Первая смотрится как законченная картина.
Но и на трилогию надо смотреть как на закончееное произведение.

ПРочитал рецензию Абсентиста http://www.liveinternet.ru/users/walex/post856582/
То что раньше не замечал:
Мониторы, которые в первой части показывали Нео в комнате для допросов, оказались мониторами из кабинета Архитектора из второй.

Много из того что зарождалось в Первой - реализовано в третьей. Например Оракул говорил, что Нео будет решать кому погибать - Морфеусу или ему.
Я все-таки, считаю, что с дезавуацией всех Смитов погибли и живые люди, подключенные к Матрице пиздохен нахен.

Матрица спасала себя. Потому как Смит - как Нео, человек - ставший программой (возможно именно после "убивства" Смита как агента в I части) - является программой, ставшей человеком, которая (подобно Бейну) может вырваться из Матрицы в реальный мир, и, предположив вытворяя такие же кундштюки как Нео, только умноженный на всех в кого он "вселился" подлетая к городу мой создать реальную угрозу Матрице. Вот она и согласилась использовать Нео для взаимной аннигиляции его со Смитом

Мои ответы на чьи-то вопросы.
Нео теряет зрение, однако продолжает видеть свет исходящий от машин, вне матрицы (мой вопрос???)
Сила The One, в том, что он не только человек, но и программа (случайно заложенная в человеческий облик) и как программа может (не зрением, конечно не зрением) ощущать действие других программ.
Концовка вызвала некоторое недоумение, машины так легко, отдавшие победу людям. Архитектор слишком уж легко согласился со своим поражением.
Это не поражение - это самопожертвование + решение столь досаждающего Архитектору уравнения.
А с тем что согласился не уничтожать - это правда странно, но, видимо в машинной логике есть какая-то аналогия чувствам ... Как и у индусов с вокзала - но тут надо додумать, прочитав скрипт.
Как же они будут вытаскивать людей из Матрицы?
Так же как и раньше просто Зионцев, делающих это не будут отлавливать - до поры до времени.
Как будут жить машины без людей?
Будут люди которые добровольно выберут Матрицу. "Есть уровни сувайвала, которые машины могут акцептовать".
Кем он станет без Тринити? Без любви? Без силы движущей всеми его поступками?
НЕО - УМЕР, ежели кто не понял

When he absorbed the Oracle, Smith gained the Oracle's power of prophecy. Smith saw himself defeating and absorbing Neo. But, as she said in two movies, the Oracle's power does not extend to seeing beyond those choices we do not yet understand.

In the final battle with Smith, Neo has chosen to keep fighting for Zion. But why? Up to now, he was acting out of his love for Trinity, but she's dead.

Then Smith makes his speech about how love is an illusion, and a human failing. But Neo knows that the machines are just as capable of this "failing" as humans are, and in this there is the chance for redemption. So he finally makes his "choice" fully understanding what is at stake, and what is possible.

He knows that he can not defeat Smith in a fight. But as he and Smith are opposites, they will cancel each other out by merging. Neo finally knows, and understands his fate.

And this, of course, is when Smith begins to doubt. When Neo understands his choice, the future suddenly extends beyond Smith's absorbing Neo, and while Smith can sense something is wrong, he does not understand. And without understanding, he can't choose to do anything different.