Мавзолей Ленина
Известнейшим произведением Щусева стал Мавзолей Ленина на Красной площади в Москве. Самый первый деревянный мавзолей был возведён под руководством архитектора в считанные часы ко дню похорон В.И. Ленина 27 января 1924 года.
Уже самое первое сооружение представляло собой кубический объём со ступенчатым завершением. Весной 1924 года Щусев создал вторую версию здания, к которому были пристроены две трибуны. Когда выяснилось, что тело вождя может быть сохранено в течение длительного времени, возникла необходимость в постройке долговременного мавзолея. Конкурс на его строительство выиграл А. В. Щусев и в октябре 1930 года было возведено новое здание из железобетона, облицованное естественным камнем гранитом и лабрадоритом. В его форме можно видеть сплав архитектуры авангарда и декоративных тенденций, ныне называемых стилем ар-деко.
Центральный Дом культуры железнодорожников
В 1925—1926 годах А. В. Щусев выполнил проект Центрального Дома культуры железнодорожников, в качестве развития его же проекта Казанского вокзала. Здесь удобный зрительный зал с консольно вынесенным амфитеатром (инженер А. В. Кузнецов).
В 1926—1929 годы А. В. Щусев работал директором ГТГ. Впоследствии он занимался пристройкой к основному зданию галереи новых залов (автор проекта, сотрудник мастерской Щусева А. В. Снигарев), не помешавших восприятию основного фасада, выполненного до революции по рисункам В. М. Васнецова. Щусев также был членом художественного объединения «Четыре искусства».
Конкурсный проект здания Центрального телеграфа
Новаторским по архитектуре был его конкурсный проект здания Центрального телеграфа. Щусев оказал в данном случае сильную конкуренцию братьям Весниным и оставил далеко позади в отношении новаторства реализованный проект И. И. Рерберга.
Здание Наркомзема
В стилистике конструктивизма им (с соавторами Д. Д. Булгаковым, И. А. Французом, Г. К. Яковлевым) был разработан блестящий проект здания Наркомзема (Москва, Орликов переулок, 1/11), практически полностью осуществленный. Здание построено в 1928-33 годах. Сейчас в нём размещается Министерство сельского хозяйства.
Дом на Ростовской набережной
В процессе реконструкции Москвы 1930-х годов А. В. Щусев возглавлял одну из архитектурных мастерских, из стен которой вышло множество проектов, охватывающих не только столицу, но и другие города страны. Самым значительным и частично осуществленным был проект застройки Смоленской и Ростовской набережных жилыми домами, в результате частичной реализации его появился полукруглый жилой дом (Ростовская набережная, д.5).
Гостиница "Москва"
Гостиница «Москва» стала одной из первых больших советских гостиниц.
Первоначальный её проект был выполнен архитекторами Л. И. Савельевым и О. А. Стапраном. Однако их концепция (сначала — конструктивистское здание, а затем — отразившее переходную стилистику от конструктивизма к ар-деко, не понравилась правительственным чиновникам (или лично Сталину). Щусева пригласили в качестве соавтора, способного спасти проект, находившийся в тот момент на стадии возведения основного каркаса. Проблема была решена добавлением лаконичного декора в виде шестиэтажного восьмиколонного портика, аркад в центре главного фасада, башенок по углам здания. Неявная асимметричность главного фасада гостиницы до сих пор дает повод для пересказа мифа о том, что Сталин якобы подписал проект ровно посередине чертежа, где были совмещены два варианта. На самом деле асимметрия реализованного здания обусловлена непредвиденными техническими проблемами, возникшими во время строительства второй очереди гостиницы. В 1937 году публикацией в газете «Правда» (30 августа) началась кампания против Щусева, в результате которой он был исключён из Союза советских архитекторов; мастерскую № 2 возглавил вместо него Д. Н. Чечулин. Однако ареста и ссылки, как обычно в то время, не последовало и когда Щусев вернулся к работе над гостиницей, одна башня была уже построена по старому проекту.
Большой Москворецкий мост
По проектам мастерской А. В. Щусева, где работало множество сотрудников, были построены Большой Москворецкий мост (инженер, его брат П. В. Щусев)/
начато строительство театр оперы и балета в Ташкенте (закончено в 1947 году)
В этих сооружениях ярко проявилось желание архитектора следовать национальным традициям, но было во многом потеряно авторское лицо, хотя, к примеру, при создании декоративных элементов в ташкентском театре Щусев использовал собственные рисунки и шаблоны, сделанные ещё в молодости, во время археологической экспедиции в Самарканде.
Здание НКВД
В 1940 году была начата работа над проектом здания НКВД на Лубянской площади, как реконструкция одного из доходных домов дореволюционного Страхового общества «Россия», так и не завершенная при жизни автора.
С 1945 года и до своей смерти А. В. Щусев был первым директором созданного по его инициативе Музея русской архитектуры (в настоящее время Государственный научно-исследовательский музей архитектуры им. А.В. Щусева). Значительное место в деятельности Щусева в 1940-е годы занимали проекты восстановления городов, разрушенных в годы войны: Истры (1942—1943), Новгорода (1943—1945), Кишинёва (1947) и др. Одним из последних творений А. В. Щусева стала московская станция метро «Комсомольская-кольцевая», отражающая торжество победы над фашизмом. Это крупномасштабная станция, вписанная в цилиндрический тюбинг самого большого диаметра. К сожалению, достроенный уже после смерти автора подземный вестибюль с мозаичными панно по эскизам П. Д. Корина, был выполнен с несколько утрированным рельефом декора, что не соответствовало проекту Щусева.
Умер Щусев в Москве 24 мая 1949 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (участок № 1; надгробие — архитектор Е. Г. Розанова, скульптор С. Т. Конёнков).
Авторство некоторых работ Щусева
Существует мнение, что автором проекта Мавзолея Ленина в Москве был один из сотрудников мастерской Щусева архитектор Исидор Француз. По свидетельству историка архитектуры Алексея Клименко: "Это доказал искусствовед Селим Хан-Магомедов. Советская власть не хотела, чтобы публика знала о еврейском происхождении истинного автора, и творение приписали Щусеву”.
А. Клименко, бывший тогда аспирантом в институте, где работал Хан-Магомедов, говорит, что тот “обнаружил чертежи, где просто выскоблена фамилия "Француз" и сверху написано "А. Щусев". За что он чуть не вылетел из партии и был скандал на почве национальной: что ты нам поганишь своими еврейскими фамилиями историю советской архитектуры и вообще Красную площадь”.
Известен и другой случай, когда Щусева обвинили в плагиате. В 1937-ом году архитекторы Л. И. Савельев и О. А. Стапран обратились в Союз Архитекторов с жалобой на Щусева, в которой утверждали, что он присвоил себе авторство их проекта гостиницы «Москва». В результате рассмотрения этой жалобы, Щусев был выведен из состава правления Московского отделения Союза архитекторов.