Участнику придется побывать в коже Агента-2 из организации Office of Secret Actions(OSA)по имени Уильям «Би-Джей» Блазкович, который был основным героем Wolfenstein 3D. Он был пойман и совместно с Агентом-1 выслан в тюрьму в замке Вольфенштейн, где Агент-1 помирает под пытками. Сумев убежать и перебив главную массу охраны замка, Блацкович покидает его по канатной дороге и встречается с воином группы Противодействия «Крайзо» Кесслером. Раненный в перестрелке, Кесслер не может последовать за героем, но даёт ему задание — добыть ежедневник доктора Земпфа, проводящего под управлением офицера Паранормальной дивизии СС Хельги фон Булоу раскопки в ветхом склепе.