Вечером 8 марта 1998 года в Неделю Торжества Православия по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на Даниловском кладбище в Москве были обретены честные останки подвижницы благочестия XX века блаженной старицы Матроны. Комиссию по вскрытию захоронения возглавил архиепископ Истринский Арсений. В перенесении честных останков старицы Матроны участвовали: наместник Новоспасского монастыря епископ Орехово-Зуевский Алексий, наместник Свято-Данилова монастыря архимандрит Алексий с братией, настоятель храма во имя Мартина Исповедника в Москве священник Александр Абрамов. В храме в честь Сошествия Святого Духа, что на Даниловском кладбище, наместником Свято-Данилова монастыря архимандритом Алексием в сослужении собора клириков была совершена заупокойная лития. Гроб с честными останками старицы Матроны был доставлен в Данилов монастырь и помещен в надвратном храме во имя преподобного Симеона Столпника.
У всех присутствующих при этом памятном событии состояние духа было по-особенному торжественным и радостным.
В работе Комиссии помимо представителей Русской Православной Церкви участвовали эксперт по вопросам судебно-медицинской экспертизы, антрополог, доктор медицинских наук, профессор Звягин Виктор Николаевич и археолог, доктор исторических наук Танюкович Андрей Кириллович.
13 марта Комиссия закончила работу. Было отмечено, что при освидетельствовании останков старицы Матроны обнаружена выпуклость в форме креста на груди, о чем упоминается в ее жизнеописании.
В Покровском храме Свято-Данилова монастыря на аналое была положена частица гроба блаженной Матроны. Здесь в дни Великого поста служились панихиды о упокоении рабы Божией Матроны.