Два года подряд Министерство аграрной политики берет для финансирования Аграрного фонда миллиардные займы из госбюджета, но не возвращает их. Согласно отчету Счетной палаты (есть в распоряжении Forbes), в 2011-2012 годах объем непогашенных займов этих двух ведомств перед бюджетом достиг 7,6 млрд гривен.

Последние годы кредиты из госбюджета – неотъемлемая составляющая работы Аграрного фонда. Министерство финансов Украины выпускает облигации внутреннего госзайма (ОВГЗ) на оговоренную в бюджете сумму, и за счет этих средств предоставляет из специального фонда бюджета кредит МинАПК. Министерство, в свою очередь, должно передать всю сумму Аграрному фонду, который за эти деньги финансирует формирование государственного интервенционного фонда и закупку материально-технических ресурсов для потребностей сельхозкомпаний. В конце каждого года за счет полученной выручки Аграрный фонд должен вернуть сумму кредита МинАПК, а оно, в свою очередь – погасить долг перед бюджетом.