Царебожники и хрустобулочники говорят, что при Святой царской Руси были молочные реки и кисельные берега и, короче говоря, все текло молоком и медом..
В том числе и свобода совести была ну просто-таки абсолютная..
Но вот несколько примеров того, что это было совсем не так.

1. Старообрядцы. Старообрядцы еще на соборе 1666 года были не просто анафемствованы, но объявлены государственными преступниками. Аввакум и прочие вожди старообрядчества, были сожжены заживо. Кстати сказать, в отличие от запада, у нас сожжение было несколько иным. Если на западе инквизиция привязывала человека к костру, то у нас бросали в специально построенный для этого сруб (будочку-времянку) и поджигали вместе с этим срубом.. Шансов все равно не было никаких, но все же оставался вариант, что человек задохнется от дыма, прежде чем начнет гореть.. Многие старообрядцы, менее известные чем Аввакум и его окружение, были арестованы, биты кнутами, заклеймены каленым железом и сосланы в Сибирь. Многие, чтобы не попасть в руки царских и церковных властей, совершали массовые самосожжения...
Постепенно, при Петре Великом, потом при Екатерине Великой делались некоторые послабления в отношении старообрядцев. Потом при Павле Первом появилось единоверчество - этакое старообрядческое униатство, при котором часть староверов поповцев (признававшие священство) подчинились синодальной церкви в обмен на то, что та будет рукополагать им священников. Им же было разрешено сохранить старый обряд. К настоящему времени единоверчество фактически ушло в прошлое. Многие единоверцы перешли в обычное православие.. Но тем не менее, свои церкви старообрядцам было разрешено легально строить только после манифеста 17 октября 1905 года, в котором Николай Второй вынужден был прописать условие свободы совести под давлением революции 1905 года..

2. Инославные. В Санкт-Петербурге были и есть и сейчас церкви других христианских конфессий. Так, к примеру на Невском находятся Армянская церковь, католический костел св.Екатерины, есть в Питере и целый ряд лютеранских церквей.
Но Петербург был столицей Империи. И церкви строились как правило, либо для иностранных гостей, либо для приезжих из регионов, в которых были распространены другие христианские конфессии (Прибалтики, Финляндии и Польши, где было распространено католичество и лютеранство и Армении, где соответственно преобладала (преобладает и сейчас) Армянская церковь..). Но при этом в самих регионах, где было распространено инославное христианство, его проповедь была ограничена, в то время, как переход инославных в православие наоборот поощрялся.

3.Не христианские религии. Если взять тот же Петербург, то в нем были (есть и сейчас) мечеть и буддийский дацан. Но они опять же строились преимущественно для гостей из соответствующих стран и регионов. В самих же регионах, где эти религии были распространены, была та же история как с инославными христианскими конфессиями. Т.е., их проповедь ограничивалась, а переход в православие местных жителей поощрялся...

И в завершение еще два момента.

1. Переход из православия в любую другую христианскую конфессию, либо другую религию карался как уголовное преступление сроком 10 лет каторжных работ..

2. Что касается атеизма, то он тоже не поощрялся и человек, не посещающий церковь, мог иметь проблемы на работе.. Яркий пример история К.Э.Циолковского, которого преследовали за отсутствие справки о причастии.. Но массово ограничивать атеистов царские власти не могли, видимо их количество было столь большим.. Так, например, В.И.Ленин, по его собственным словам, отказался от религии в 17 лет в 1887 году после гибели старшего брата. И за это его не прессовали.. Так что, скорее всего, число атеистов было так велико, что всех преследовать просто не решались..