При Николае был тяжелейший и разносторонний кризис церкви. Что интересно, многие элементы этого кризиса повторяются и сейчас...
Вот несколько кратких деталей.
1. Конфликт с рабочими.
2. Конфликт с интеллигенцией.
3. Конфликт с представителями других национальностей и религий из-за навязывания православия сверху.
4. Конфликт из-за создания черносотенных банд.
5. Конфликт из-за желания царя восстановить патриаршество. При этом, казалось бы, в чем проблема, патриаршество - это совсем не проблема.. Но царь хотел стать патриархом сам, не принимая монашество.. Это было нарушение всех мыслимых канонов, против чего церковь, понятно, протестовала..
6. Конфликт из-за Распутина. Священнослужителей и даже архиереев, не принимавших распутинщину, просто ссылали как например Митрополит Владимир был в 1915 году выслан из столицы в Киев.
7. Конфликт из-за священнослужителей и архиереев, не желавших признавать бредовые застаревшие установки. В частности Митрополит Ярославский Тихон (будущий Патриарх), придя на Ярославскую кафедру, отменил целый ряд бредовых постановлений своего предшественника. В частности, запретил кланяться себе как живой иконе, запретил охрану. Вместо движения на автомобиле ходил пешком. И запретил священникам докладывать полиции содержание исповедей.. Казалось бы, все здраво.. Но на него "стукнули" и в итоге его перевели из Ярославля в Вильно (ныне Вильнюс, Литва)..
Так что проблем было более чем много... И в 1917 году, когда нынешнего "святого" убрали, большинство архиереев и священников вздохнули с облегчением..