Ответ прост. Если вдруг придёт другая власть, а она, рано или поздно, придёт, то церковным верхам может не не поздоровиться. И они это понимают. Все помнят историю, произошедшую сто лет назад. Так вот, в час Х главенство РПЦ просто соберёт толстые чемоданы и сбежит. За границей бывшие церковные верхи просто примкнут к РПЦЗ, соберут вокруг себя враждебно настроенных к новому режиму граждан, доблестных диссидентов, работников спецслужб, борзописцев, и всё повторится заново. Появятся новые хрустобулочники, ельцинопоклонники, путинохвалебники.
А вот церковным чинам пониже придётся отвечать. Но и здесь ответят не все. Такие, как Чаплин, переобуются и снимут рясу.