Промучился немеряное количество времени с log4j.
Оказывается удалить категорию не так просто как добавить.
Например, в стандартном конфиге Jboss есть такой вот закомментированный кусочек. Если его раскомментировать, то он начинает сыпать кучу информации в server.log:



Но если его закомментировать назад, то он все равно ее сыпет!
Оказывается, нужно вначале поменять приоритет с TRACE на меньший, например INFO, подождать пока Jboss подхватит это, а потом можно уже комментировать.

Ну или надо просто рестартнуть, это самый простой метод, но это не всегда возможно.