Эмото, Масару Алексей Фалеев, кандидат технических наук, в своей статье «Мошенничество на нашем здоровье. Информационная память воды»[7] отмечает, что Масару Эмото не публикует результатов своей работы в научной печати, а это является обязательным требованием к человеку, называющему себя учёным. Более того, как отмечается в статье, Эмото не имеет естественнонаучного образования — первое его образование по специальности «Международные отношения», а второе — докторская степень — по альтернативной медицине. Более того, требования к получению данной степени, согласно информации сайта Открытого международного университета альтернативной медицины в Калькутте (Индия), составляют один год обучения, публикация пяти статей и взнос в размере 350 долларов США. В заключение Фалеев пишет: …на основе псевдонаучных спекуляций Эмото Масару активно создает новое планетарное религиозное движение — религию Хадо. При этом он не забывает и самого себя, активно рекламируя и продавая собственную продукцию — бутылочки с «правильной» водой, книги о воде, фотографии воды, песни воды, графины для воды и т. д. Алексей Паевский, научный журналист, будучи в должности заместителя редактора отдела науки интернет-издания «Газета. Ru» в статье, посвящённой фильму «Великая тайна воды» критикует Эмото: …наш герой на самом деле создатель новой религиозной секты, продающий «намоленную воду» («Indigo Water — геометрически совершенная вода с посланием вашему телу») по $35 за пять унций.

Эмото критикуют за несовершенство экспериментов. Уильям Тиллер (англ.) утверждает, что эксперименты Масару ничего не доказывают и Эмото не учитывает один из трёх ключевых факторов при переохлаждении воды. Группа учеников из Durango High School штата Колорадо под руководством Дэмиана Шена[8] в своей исследовательской работе указали на следующие недостатки экспериментов Эмото: эксперимент не учитывает влияние определённых факторов; некоторые выводы основываются на предположениях, которые не обязательно истинны. В работе указывается, что Эмото мог быть необъективен при выборе того или иного кристалла из тысячи при рассмотрении капли воды. Например, выбрать «хороший» кристалл, если известно, что вода «несёт» хорошее сообщение, либо «плохой» — если сообщение отрицательное. То есть в оригинальном эксперименте исследователь знал заранее, какой должен быть результат того или иного опыта, чтобы подтвердить проверяемую теорию. Подобный «не слепой» эксперимент, говорится в работе, указывает на предвзятость исследователя. В 2003 году Джеймс Рэнди, основатель Фонда Джеймса Рэнди, публично заявил, что заплатит Эмото Масару миллион долларов, если его результаты будут подтверждены при помощи двойного слепого метода Слепой метод — процедура проведения исследования реакции людей на какое-либо воздействие, заключающаяся в том, что испытуемые не посвящаются в важные детали проводимого исследования. Метод применяется для исключения субъективных факторов, которые могут повлиять на результат эксперимента. Двойной слепой метод заключается в том, что не только испытуемые, но и экспериментаторы остаются в неведении о важных деталях эксперимента до его окончания. Двойной слепой метод исключает неосознанное влияние экспериментатора на испытуемого, а также субъективизм при оценке экспериментатором результатов эксперимента.