В открытом ПО есть одна хорошая дыра, которую мало кто замечает: зная исходники, можно очень хорошо представлять себе, как оно работает. А если ты знаешь, как тикает хронометр - ты всегда можешь найти достаточно большой молоток, чтобы его сломать.
Я лично думаю, что безопасность unixовых систем не намного лучше MS. Просто MS пользуется больше народу - и волна внимания к очередной "дырке" всегда велика, чего не скажешь о Unixах. Изх пользователи вообще люди более спокойные, наверное...
Ведь и Unixовый сервер так же подвержен DDoS-атакам, троянам и разного рода краш-кодам. Другой вопрос, что "профей", которые могли бы написать все это дело, несколько меньше, чем тех, кто развлекается атаками на MS.
Атомпром - рыбка достаточно жирная, чтобы под нее делать спецзаказ, а MS - компания, где не самые плохие головы работают. Я так полагаю, что они это тоже понимают - и наверняка будут делать спецсистему, чтобы получить большие бабки...