1. Для того чтобы проверить комп на вирусы не обязательно загружаться в сейф-моде, ему удобней давить паразитов в обычном режиме, когда вирус активен.

2. Тормоза с отдельными прогами в момент их первого запуска при только что установленном Каспере обусловлены тем что Каспер их "общупывает" ищет дыры и изьяны, зараженность, да и вообще может это не та программа что за себя выдает. Отсюда и идут первоначальные тормоза с прогами. После второго запуска всего этого уже нет, Каспер занес прогу в свою базу положил на нужную полку.

3. Первые несколько часов работы компа с Каспером бывают тем более тормознутые, чем более стар и слаб комп. На современных быстрых компах этого не заметно. А связано это с тем что Каспер проверяет всю систему на руткиты, а это очень ресурсоемкая операция, и чем быстрее комп, тем быстрее она проходит, но если комп эпохи начала десятилетия, или просто дешевой комплектации, то эта тормознутость может растянуться на несколько часов, тем более если пытаться в это время нагружать комп какой либо работой.
В последствии каспер проверяет на руткиты только избранные или новые программы и папки, что в итоге не влечет понижения производительности.

4. Также на старых или маломощных компах ставят в настройках Каспера галочку - "Уступать ресурсы компьютера приложениям", тоесть, если чтото запускается на компе и требует значительных ресурсов компа, то Каспер просто прерывает на время проверку компа и некоторые вещи перестает делать, дабы не мешать программе, но мониторинг системы, хватать на лету вирусы все же не перестает, просто не в полную силу работает. За счет этого тормозов на компе не бывает, даже на старых и слабых.

Вот эти вышеприведенные тезисы и нужно бы знать при работе с Каспером, все это не просто так, это нужные вещи, которых порой нет в других антивирах и файрволах, но это и есть тотальная защита в реальном времени, чего не умеет делать хотя бы тот же Аваст.
И только из за тормознутости работы на слабых компах в первые несколько часов работы каспера его и невзлюбили.

А также возможно и такое, в сейфмоде ведь вирусы не активны и их сложнее даже вообщем то найти, тем более если заражены системные файлы ОС. В защищенном режиме доступ к системным файлам ограничен, да и Каспер остается тоже без нескольких своих инструментов, ограниченный функционалом работы ОС в режиме сейфмоде.

Поэтому когда грузите систему в обычном режиме и системные файлы (возможно зараженные или подмененные вирусом на свои файлы) начинают работать, Каспер пытается их лечить, а так как системные файлы нельзя изменять и удалять, Каспер просто блокирует их исполнение в оперативной памяти компьютера, в итоге ОС зависает.