После подписания советско-германского пакта ФКП во Франции подверглась преследованиям, лидер партии Морис Торез бежал в СССР, а Дюкло перешел на нелегальное положение и возглавил текущее руководство деятельностью ФКП. В марте 1940 по делу депутатов-коммунистов был приговорен к 5 годам тюрьмы.

В мае 1942 вместе с П. Вило Жак Дюкло объединил все коммунистические группы Сопротивления в Национальный фронт. Одновременно Дюкло руководил партизанскими отрядами и возглавлял военное крыло ФКП. В мае 1943 Национальный фронт объединился вместе с другими организациями Сопротивления в Национальный совет Сопротивления.

Жан Брюа: Среди первых книг, которые Жак Дюкло с жадностью поглощал были «История французской революции» Мишле, но также и «Три мушкетера» Дюма. Он питал слабость к Дюма. Но это не мешало ему возмущаться оскорбительными высказываниями Дюма по адресу революционеров.

Жан Брюа: Не подлежит сомнению, что некоторым событиям истории Жак Дюкло отдавал предпочтение. Они относятся к эпохе, осью которой была Парижская Коммуна. Именно этому периоду он посвятил несколько своих книг. Он возглавил Ассоциацию друзей Парижской Коммуны. Под его влиянием было решено издавать полугодовой журнал, посвященный, согласно его замыслу, «пролетарской эпопее 1871 г.»

У Дюкло погибли за время оккупации трое связных, попавших в руки гестапо, где их жестоко пытали. Он рассказывал, что ни один из них не выдал, где находилась подпольная квартира Дюкло и Фрашона. Дюкло настолько верил в их твердость, что не сменил свою подпольную квартиру. Фотографии этих товарищей стояли у него дома на камине.

В начале Второй мировой войны в сентябре 1939 года ФКП оказалась в сложном положении — несмотря на предшествовавшую антифашистскую линию партии, под давлением Москвы она выступила с одобрением договора между СССР и нацистской Германией.

Конференция в Склярска-Пореба, закончившаяся созданием Коминформа (Коммунистического информационного бюро), сменившего распущенный в 1943 году Коминтерн, означала кардинальный поворот в истории ФКП. Партия сменила курс на 180 градусов и уже с октября 1947 года ужесточила свои позиции. Второй номер ФКП Жак Дюкло не почувствовал смены ветра. Накануне он произнес речь в полном соответствии с резолюциями ЦК партии. Несмотря на вывод из правительства министров-коммунистов, заявил он в частности, ФКП остается крупной правительственной партией, которую поддерживают мощные слои общественности во Франции, желающие ее возвращения к управлению делами. Но для Сталина политика "классового сотрудничества" закончилась. Открывая конференцию, советский представитель Андрей Жданов высказался предельно ясно. Отныне мир разделен на две части, с одной стороны, лагерь империализма, объединившийся вокруг США, с другой - социалистический лагерь, который должен под знаменем Советского Союза "бороться против угрозы новых войн и империалистической экспансии, за упрочение демократии и за искоренение остатков фашизма". В рамках этой новой политики коммунистические партии должны "возглавить сопротивление во всех областях" и не идти на уступки тем, кто ведет себя "подобно агентам империалистических кругов США", то есть "большей части руководителей социалистических партий". Вынужденный выступить с самокритикой, Жак Дюкло пообещал, что ФКП окажет твердую поддержку "мирной и демократической политике Москвы".

В 1958 году ФКП была единственной крупной партией, выступившей против возвращения к власти Шарля де Голля и создания им режима президентской власти — Пятой республики.

В конце мая 1968 года ФКП приняла сторону де Голля, угрожавшего использованием армии, и призвала к прекращению забастовок. ФКП также вызвала отчуждение многих левых из-за поддержки (хоть и с оговорками) советского вторжения в Чехословакию в августе 1968 года.