Повзрослевшая Алиса забыла о приключениях, произошедших с ней в Зазеркалье и Стране Чудес. Ей — 19 лет. И она вот-вот должна выйти замуж (так договорились её родители) за сына лорда Эскота.

Приглашённая на праздник, на деле оказывающийся замаскированной помолвкой, в момент предложения ей руки и сердца Алиса замечает Белого Кролика. Кролик увлекает девушку в нору, на другом конце которой её ждет странный мир, снившийся ей уже давно. Однако Алиса практически до конца фильма считает, что это всё остаётся сном.

Вскоре после того, как Алиса встретила мышь Соню, чудаковатых братьев-близнецов и других персонажей фантастического мира, ей открывают будущее в этой стране. Её приводят к Абсолему и показывают Оракулум, где написана вся история Подземелья (Страны Чудес). В нём написано, что Алисе предстоит схватка со свирепым чудовищем — Бармаглотом. Алиса не уверена в своих силах, но остальные и слышать не хотят о любом сомнении с её стороны.

Однако, не только жители волшебной страны хотят видеть Алису, встречу с ней давно планирует Красная королева — одна из двух сестёр правящих страной. Она посылает за Алисой своего слугу и главного охранника, Валета Червей. В процессе погони Алисе удаётся познакомится со Шляпником и его безумными друзьями. Они раскрывают ей правду о Красной королеве. В погоне за властью "красная ведьма", как предпочитают её называть противники, убила многих мирных жителей. Чтобы получить корону, она использовала своего "зайку бармаглотика" — дракона.

Погоня снова настигает Алису и обретённых друзей. Шляпник помогает ей бежать, но сам попадает в руки Красной королевы. Вопреки всеобщим ожиданиям, Алиса, успевшая изменить рост до нескольки дюймов, отправляется освобождать Шляпника.

Во дворе дворца Красной королевы Алиса успевает снова изменить рост, теперь она выше на голову любого жителя волшебной страны. Королева просит её представиться и приветствует её, как Ам (Алиса не знала что сказать и это первое, что вырвалось у неё изо рта). Во дворце Алиса узнаёт, что главный охранник королевы влюблён в "cтоль высокую девушку", и что Бармаглота можно сразить Вострым мечом, который находится здесь же.

Алисе удаётся бежать из замка, прихватив с собой Вострый меч и освободив Шляпника. Она так же подружилась с Брандошмыгом, вернув ему глаз, выколотый Соней, и направляется к Белой королеве — сестре Красной королевы (по аналогии с картами и шахматами). Белая королева тепло встречает гостью. Она возвращает ей нормальный рост и предлагает сразиться с Бармаглотом. Но Алиса пугается и убегает. Она снова встречает Абсолема, который окукливается. Алиса говорит, что она та самая Алиса и Абсолем это потверждает. Алиса надевает доспехи и объявляет, что согласна биться с Бармоглотом.

Кульминацией фильма служит сражение армий Красной королевы и Белой королевы на шахматной доске. Алиса принимает образ воина и отрубает Бармаглоту голову. Армия Красной королевы отказывается служить своей госпоже. Саму королеву отправляют в ссылку с главным охранником, который безуспешно пытается убить её.

Шляпник танцует джигу-дрыгу. Этот танец он специально берёг для Бравного дня.

Алиса возвращается домой. Она отказывается стать женой, но готова сотрудничать с отцом незадачливого жениха. Алиса продолжает дело своего отца — торговлю, и намерена открыть новые горизонты.
[471x698]